Créée en juillet 1877, la Jurassia est alors la première section jurassienne de la SES (Société des Etudiants suisses).
Fondée par Louis Viatte qui est alors le président central de la SES, elle a pour but de réunir les étudiants jurassiens dispersés dans les diverses universités et autres écoles en Suisse. Au début, la J. est très clairement catholique, formée en effet dans le cadre du Kulturkampf et des dissensions du Jura de l'époque.
Même s'il y a une assemblée fondatrice à Bassecourt en août 1877, il faut attendre 1883 pour qu'on puisse véritablement parler d'une section jurassienne de la SES. Une année plus tard, faute de membre, elle s'éteint et il faut de nouveau attendre jusqu'en 1895 pour qu'elle renaisse avec le nom de Jurassia. C'est Casimir Folletête qui préside à cette reconstitution. C'est lors de l'assemblée générale de 1895 à Saignelégier que les statuts sont adoptés. Le caractère catholique est nettement confirmé dans une société où les conservateurs tiennent à redonner au catholicisme une place importante dans la société et retrouver l'intégralité de ses droits religieux face à une constitution bernois de 1893 qui affirme les principes d'une société laïque et sécularisée. Dans ce cadre, la Jurassia est, pour les Conservateurs, un pivot de cette politique. Au début du XXe s., la Jurassia est active dans trois domaines principaux : l'atelier, l'école, la presse. Elle collabore en effet avec les milieux catholiques ouvriers, suivant ainsi la doctrine de l'encyclique de Léon XIII Rerum novarum (1891). La Jurassia contribue financièrement et par un appui constant à la fondation, en 1897, du collège Saint-Charles à Porrentruy par Ernest Daucourt. En 1925, une section de la SES naît à Saint-Charles, l'Himéria. Dès lors, c'est de cette section que vient la majorité des troupes de la Jurassia. Finalement, au niveau de la presse, il s'agit de propager « la bonne presse », soit la presse d'inspiration catholique, notamment dans les milieux populaires grâce à la distribution d'abonnements gratuits pour les familles qui n'ont pas les moyens de les payer. En 1921 est fondé la Société de la Bonne Presse (qui devient Le Pays SA en 1983) qui va devenir propriétaire du journal Le Pays. Cette société est menée par l'abbé Joseph Barthoulot puis l'abbé Antoine Berberat et Martin Girardin. En 1972, 487 familles bénéficient de l'aide de cette fondation. Dans les années 1920, la Jurassia fait face à une crise d'identité. En effet, elle cherche alors sa voie entre l'Action populaire catholique (APC), qui s'occupe de problème sociaux, et le Parti démocratique catholique, qui s'occupe de politique et d'économique. Si la J. semble dans un premier temps vouloir rester en dehors de la formation de la Jeunesse démocratique catholique du Jura, elle adopte un changement en 1933, en se distanciant pour la première fois de l'Action catholique et en s'engageant sur le terrain politique. On peut relever deux raisons principales à cette nouvelle orientations. D'une part, la J. cherche à se différencier de la Jeunesse catholique estudiantine (JEC) fondée en 1931, en même temps que la JOC (Jeunesse ouvrière catholique) et la JAC (Jeunesse agricole catholique). D'autre part, elle suit ainsi le mouvement plus général amorcé par la SES. A la fin du XIXe s., la J. a fini par laisser une trop grande place à la fête et plus assez aux questions sociales et culturelles. Dès 1900, des conférences données lors des assemblées générales permettent à la société de reprendre un peu ce chemin. Lors de son assemblée de 1966, elle décide aussi de créer un « Prix Jurassia » décerné à un membre actif ou passif qui s'est distingué par un résultat ou un travail remarquable, comme un encouragement à l'étude et à la culture (par exemple, Bernard Prongué pour sa thèse de doctorat en 1969, François Lachat pour son mémoire de licence en 1979, Georges Schindelholz pour ses activités journalistiques en 1972, etc).
En 1960, elle change sa dénomination de « section cantonale bernoise des E.S. » en « association jurassienne des E.S. »

On trouve dans ses rangs plusieurs membres de l'élite politique et ecclésiastique du Jura :
Casimir Folletête (la J. lui érige un monument au Noirmont en 1903), Ernest Daucourt, Louis Viatte, Xavier Jobin, Mgr Henri Schaller, Jean Gressot, Jean Wilhelm, Mgr Emile Fähndrich, François Lachat.

Les étudiants jurassiens se retrouvent aussi au sein d'autres sociétés d'étudiants, telle que :
- Blarentia, Ecole cantonale de Porrentruy, dès 1899, dure environ 25 ans ;

- Stella Jurensis, Ecole normale de Porrentruy, dès 1902 (issue de la Normalia et de la Rauracia)
- Paradisia, 1919, étudiants catholiques du Laufonnais ;
- Himéria, 1925, collège St-Charles, Porrentruy ;
- Industria, technicum de Berthoud, fondée à l'initiative de l'abbé Louis Rippstein (fin 19e s.) ;
- Burgundia, Berne ;
- Petromariana, collège des Bénédictins de Delle ;
- Nuithonia, collège Saint-Michel, Fribourg.

Membres fondateurs :
Louis Viatte
Joseph Jobin
Charles Girardin
Léon Cattin
Célestin Hornstein
François Beuret
Joseph Chalverat
Ernest Péquignot
Joseph Queloz