Malgré les divisions, après le plébiscite jurassien du 23 juin 1974 faisant du Jura le 23e canton suisse, les socialistes en grande majorité autonomistes, réorganisent le parti (PSJ) afin de lui donner une image et une identité propre. Lors de sa création, le 3 mai 1975, le Parti Socialiste du Canton du Jura (PSJU), qui comprend un peu plus de 18% de l'électorat, affirme son intention de maintenir une position de rupture avec le capitalisme. Son programme politique incorpore plusieurs thématiques allant du droit au travail aux questions sociales et culturelles.

Dans un premier temps, il ne devient pas membre du Parti Socialiste Suisse (PSS) jugé trop social-démocrate et accusé d'avoir montré trop d'indifférence à la Question jurassienne. Une convention est donc signée en avril 1980, afin de régler les modalités d'information et de collaboration entre les deux partis. Après avoir suscité un vaste débat à l'interne, l’adhésion a finalement lieu le 25 mars 1983 lors du congrès à Courtemaîche.

Lors de l'élection à l'Assemblée Constituante, le PSJU fait élire dix candidats, dont la seule femme plébiscitée. Les représentants du parti à l'Assemblée Constituante, même s’ils maintiennent d’une position de gauche, adoptent cependant un ton plus modéré. Minoritaires, les socialistes sont conscients que pour être un des acteurs essentiels de la politique jurassienne, ils se doivent de coopérer avec d'autres partis du centre-gauche, c'est-à-dire en créant des alliances avec l'aile la plus réformiste du Parti Démocrate-Chrétien (PDC), et surtout avec le Parti Chrétien-Social Indépendant (PCSI). Et ceci afin d’éviter toute coalition du PDC avec les radicaux, le gouvernement passerait ainsi du centre-gauche au centre-droit et les socialistes du pouvoir à l'opposition. La première élection au Gouvernement jurassien, en 1978, en est un parfait exemple car afin de vaincre les libéraux-radicaux le PDC, le PSJU, le PCSI et le Parti Radical Réformiste (PRR) forment une coalition autonomiste sous l'auspice du Rassemblement Jurassien (RJ) qui réussit à faire élire ses candidats sous la distribution : 2 PDC, 1 PSJU, 1 PCSI et 1 PRR. Au cours de la première législature, de fortes tensions secouent la coalisation, une grande animosité régnant entre démocrates-chrétiens et socialistes. Ces derniers décident donc de se lancer seuls pour l'élection au Gouvernement de 1982 qui voit tous les sortants reconduits.

Durant les années 1980 et la premplière moitié des années 1990, la force électorale du PSJU reste stable, entre 18 et 19% des suffrages. Le parti ne connaitra qu'une courte vacance à l'exécutif, de 1993 à 1994, durant laquelle son siège sera ravi par le CS (Combat socialiste). Au Parlement, le groupe socialiste se compose de onze puis douze membres et représente la troisième force politique du canton, juste derrière le Parti libéral-radical jurassien (PLRJ).

Dès la moitié des années 1990, le parti socialiste progresse. Ainsi, à partir des élections fédérales de 1995, le parti réussit à placer un candidat dans chaque chambre. Aux élections parlementaires de 1998, les socialistes s'imposent comme la deuxième force politique du canton en décrochant trois sièges supplémentaires. Enfin, au Gouvernement, le PSJU parvient à obtenir un second fauteuil au Gouvernement au détriment du PDC en 2002. Ce siège sera perdu en 2006, mais reconquis lors de la législature suivante.

Lancé en 2000, l'ambitieux concept « Jura, pays ouvert » (JPO), qui entendait redynamiser l'économie cantonale et augmenter la population reçoit dans un premier temps la confiance du PSJU. Cependant, deux ans plus tard, le parti retire son soutien à JPO, reprochant la baisse d'impôt linéaire lié au projet de même que son pilotage par une fondation privée et non par un acteur de l'Etat. Le 16 mai 2004, JPO est finalement refusé en votation populaire, et le PSJU sera tenu pour responsable de ce rejet par les partisans du projet.

L’idéologie et les prises de positions défendues par le parti sont relayées de façon régulière par un mensuel, le Peuple Jurassien, édité de mars 1974 à janvier 1990. Ce journal fait place à une publication plus modeste, le Bulletin interne du parti socialiste, puis au Journal du parti socialiste jurassien, édité de mai 1997 à février 2000.

Président-e-s du PSJU

1975-1980 Pierre Gassmann

1980-1981 Jacques Stadelmann

1981-1985 Jean-Marie Miserez

1985-1991 Michel Steullet

1991 intérim de quelques mois des vices-présidents Christine Parrat et Rudolf Strasser

1991-1993 Christine Parrat

1993-2001 Gilles Froidevaux

2001-2002 Elisabeth Baume-Schneider (coprésidente)

2002-2004 Nathalie Barthoulot (coprésidente, puis présidente)

2004-2007 Marlyse Fleury

2007-2011 Michel Thentz

2011-2013 Julien Loichat

2013-2017 Loïc Dobler

Conseiller-e-s nationaux

1983-1987 Valentine Friedli

1995-2011 Jean-Claude Rennwald

2011- Pierre-Alain Fridez

Conseillers aux Etats

1979-1983 Pierre Gassmann

1995-2007 Pierre-Alain Gentil

2007-2019 Claude Hêche

2019-2022 Elisabeth Baume-Schneider

2022- Mathilde Crevoisier Crelier