Les préfets sont les représentants de l’Etat et de l’administration cantonale dans les districts et sont sous la surveillance du Conseil-exécutif. Cette charge est créée dans le sillage de la révolution libérale de 1831 pour remplacer les grands baillis. Elle disparaît dans le canton du Jura dès 1979 mais demeure dans le Jura bernois (le canton de Berne compte en outre 26 districts). Le siège de la préfecture se trouve au chef-lieu du district, soit à Courtelary, La Neuveville, Moutier et Laufon (jusqu'en 1993).
Les préfets sont d’abord nommés par le gouvernement, recrutés généralement dans les bourgeoisies locales et radicales, puis par le peuple dès 1893, après l’acceptation de la Nouvelle Constitution cantonale bernoise. Ce changement est important puisqu’il va dès lors permettre aux partis autres que le parti radical d’accroître leur représentation (on va par exemple trouver désormais des préfets conservateurs, notamment en Ajoie, dans les Franches-Montagnes et le Laufonnais). Après 1893, le lien entre radicalisme et préfet va donc se relâcher. 1893 marque encore un autre changement : jusque-là, en étant directement au service du Gouvernement, les préfets servent la centralisation ; par contre, après 1893, les préfets sont d’abord les représentants du peuple et donc des intérêts des individus ou des communes. La loi de 1939, en étendant encore les attributions des préfets, va accentuer ainsi encore la décentralisation des activités administratives.

Actuellement, préfectures et préfets sont régis par la loi sur les préfets et les préfètes du 16 mars 1995, qui remplace celle du 3 septembre 1939.
Les préfets ont des tâches et compétences dans divers domaines :
- autorisations et permis;
- justice administrative;
- autorité de surveillance (des autorités tutélaires, de la police, des services du feu, etc. des communes municipales, bourgeoises et ecclésiastiques, ainsi que des syndicats de communes);
- exécution pénale;
- gestion de crise;
- assistance;
- rôle de médiateur (Ombudsman).

Le 24 septembre 2006, le peuple s’est prononcé en faveur d’une réforme de l’administration cantonale dont l’entrée en vigueur est prévue en janvier 2010 : cinq régions administratives vont être créées, dont celle du Jura bernois. Dix arrondissements vont prendre la place des 26 districts. Ceux de Courtelary, La Neuveville et Moutier formeront un arrondissement unique, avec une seule préfecture. Le 17 mai 2009, Jean-Philippe Marti est élu préfet de ce nouvel arrondissement. L’ancienne préfecture de Bienne va elle être réunie aux préfectures de Büren et Nidau pour former l’arrondissement administratif Biel/Bienne. Werner Könitzer est élu préfet de cet arrondissement alors que Philippe Garbani (jusque-là préfet de Bienne) en devient préfet suppléant.

Delémont
1832-1836 Xavier Bornèque
1837 Jean-Baptiste Hoffmeyer
1838 Xavier Vermeille
1839-1846 Auguste Quiquerez
1847-1851 Olivier Seuret
1851-1854 Fidèle Koetschet
1854-1860 François Desboeufs
1861-1866 Joseph Feune
1866-1873 Joseph Pallain
1873-1878 Alfred Grosjean
1878-1889 Joseph Erard
1889-1902 Emile Boéchat
1902-1904 Eugène Mouttet
1904-1905 Joseph Erard
1905-1910 Amédée Comte
1911-1926 Arnold Eggenschwyler
1927-1934 Albert Joray
1934-1944 Armand Graf
1945 vacant
1946-1959 Ernest Faivet
1960-1974 Henri Parrat
1975-1979 Jacques Stadelmann

Porrentruy
1832-1836 Xavier Stockmar
1836-1846 Henri-Joseph Choffat
1846-1850 Charles Braichet
1850-1853 Jean-Baptiste Chevrolet
1853-1854 Franz-Emmanuel de Lombach
1854-1858 Jean-Baptiste Chevrolet
1858-1876 Joseph-Joachim Froté
1876-1878 Joseph Stockmar
1878-1879 Hippolyte Paulet
1879-1891 Alexande Favrot
1891-1894 Henri Cuenat
1894-1913 Ernest Daucourt
1913-1930 Joseph Choquard
1930-1954 Victor Henry
1954 vacant
1955-1965 Jean Gressot
1966-1979 Jean Jobé

Franches-Montagnes
1831-1836 Charles Moreau
1836-1850 Henri Joseph Quiquerez
1850-1862 Claude Antoine Garnier
1862-1864 Jérôme Desvoignes
1865-1870 Conrad Kalmann
1870-1871 Constant Borruat
1871-1878 Julien Froidevaux
1878-1894 Jean Bouchat
1894-1925 Ephrem Jobin
1926-1928 Joseph Jobin-Anklin
1928-1945 Alfred Wilhelm
1945-1966 Paul Hublard
1966-1979 Charles Wilhelm

Laufon (jusqu’en 1846, fait partie du district de Delémont ; distr. de BL dès 1994)
1846-1850 Niklaus Kaiser
1851-1853 Joseph Conrad Gabriel Feninger
1854-1866 Niklaus Frepp
1866-1871 Peter Burger
1871-1874 Adolf Botteron
1874-1894 Martin Federspiel
1894-1897 Albin Cueni
1897-1903 Paul Fleury
1903 vacant
1904-1913 Hans Frepp
1914-1925 Richard Schumacher
1926-1948 Adolf Walther
1949-1959 Melchior Kuntschen
1960-1976 Jacques Gubler
1976-1991 Marcel Cueni
1992-1993 Peter Bossart

Moutier
1831-1836 Charles Henri Moschard
1837-1842 Daniel Henri Célestin Borle
1842-1850 Charles Frédéric Klaye
1851-1857 David Mérillat
1858-1870 Charles Frédéric Klaye
1870-1902 Louis Péteut
1902-1922 Jean Romy
1922-1933 Otto Boechenstein
1933-1943 Georges Cuttat
1944-1965 Marcel Bindit
1966-1976 Roger Macquat
1977-1992 Fritz Hauri
1993-2009 Jean-Philippe Marti

Courtelary
1832-1838 Auguste Langel
1839 Xavier Vermeille
1839-1841 Ferdinand Morel
1842-1850 Pierre David Rollier
1851-1854 Franz Emmanuel de Lombach
1854-1866 Henri Antoine
1867-1890 Jérôme Desvoignes
1891-1911 Albert Locher
1912-1945 Léon Liengme
1945-1972 Willy Sunier
1972-1994 Marcel Monnier
1995-2009 Antoine Bigler

La Neuveville
1832-1837 Jakob Probst
1838-1840 Jakob Neukomm
1840-1846 Johann Strasser
1846-1850 Florian Immer
1850-1867 Pierre David Rollier
1868 vacant
1869-1890 Frédéric Imer
1890-1903 Charles-Albert Favre
1903-1916 Paul Rollier
1917-1926 Paul Imer
1926-1933 Florian Imer
1933-1970 Oscar Schmidt
1970-1982 Marcel Houlmann
1983 vacant
1984-1989 Mario Annoni
1990 vacant
1991-1997 Gabriel Zürcher
1997-2009 Barbara Labbé

Bienne
1832-1835 Christian Matti
1836-1846 David Schwab
1847-1849 Alexander Schöni
1851 David Schwab
1853 Johann Schneider
1855-1860 Friedrich Grüring
1861 vacant
1863-1866 Heinrich Boll
1867-1871 Karl Kuhn
1872-1874 Friedrich Bovet
1875-1878 Christian Gräub
1879-1912 Jakob Wyss
1913-1919 Fritz Wysshaar
1920 Albert Stucki
1921 vacant
1922-1944 Artur Bertschinger
1945 vacant
1946-1960 Emil Brändli
1961-1986 Marcel Hirschi
1987-1999 Yves Monnin
1.1.2000-2009 Philippe Garbani

Arrondissement administratif du Jura bernois
2010-2017 Jean-Philippe Marti
2017- Stéphanie Niederhauser

Arrondissement Biel / Bienne
2010-2013 Werner Könitzer
2013- Philippe Chételat