Le jardin botanique est une partie intégrante du Musée jurassien des sciences naturelles. Il contient les principales familles de plantes et leurs représentants ainsi que plus de 80 variétés de roses, 180 sortes différentes d'iris, une collection de plantes vénéneuses et de légumes anciens. Le Jardin jurassien présente plus de 800 espèces de fleurs de l'arc jurassien. Les serres abritent différents végétaux tropicaux, des plantes carnivores, des orchidées, ainsi qu'une remarquable et importante collection de cactus. L'arboretum finalement conserve les anciennes variétés fruitières d'Ajoie.

En 1832, l'administration du collège retient l'idée de créer un Jardin botanique et en octobre, elle nomme comme jardinier François Friche-Joset (1799-1856) de Delémont. L'année suivante, on plante les premières semailles. Par rapport au premier essai fait en 1798 par Antoine Lémane, le jardin botanique a été réduit de moitié et l'accent a été mis sur la végétation jurassienne, ce qui permettra au jardinier Friche-Joset de rédiger son Synopsis de la flore du Jura septentrionnal et du Sundgau, un important ouvrage publié en 1856 par F.J. Montanon.
Les travaux d'aménagement durent jusqu'en 1835 alors qu'en 1839 déjà, on agrandit le Jardin botanique et la serre est remise en état. Friche-Joset démissionne et les charges de jardinier et de concierge sont dissociées. C'est Jules Thurmann, en tant que directeur du cabinet de minéralogie (futur Musée jurassien des sciences naturelles) qui dirige aussi le jardin (1832-1854) alors que le nouveau jardinier est J. Lapaire (1843-1854) qui va réaliser en 1841 un volume d'aquarelles consacrées aux «Plantes spontanées du Jura».

En 1854, Jean-Napoléon Vernier remplace Thurmann et Lapaire à la tête du Jardin botanique. La direction des collections et la direction du Jardin botanique est ensuite confié au professeur Ducret (1868-1875) puis à Frédéric-Louis Koby à l'initiative de qui est construit le Jardin alpestre (achevé en 1922). A la même époque, les jardiniers-chefs sont Joseph Seuret (1867-1908) puis Adolf Schmid (1908-1952).
Son successeur, Joseph Tièche (1952-1986) va réorganiser le jardin en quatre parties: la roseraie, l'arboretum, les plantes vivaces et les plantes industrielles et inaugurer de nouvelles serres en 1961.

Sous la direction de François Guenat un Jardin jurassien (1970) va remplacer le Jardin alpestre. En 1972, le Jardin botanique est entièrement réorganisé.


Chefs jardiniers
1832-1843 François Friche-Joset
1843-1854 J. Lapaire
1854-1867 Napoléon Vernier (aussi directeur du Musée)
1867-1908 Joseph Seuret
1908-1952 Adolf Schmid
1952-1986 Joseph Tièche
1986-1999 Charles Brebeck
Dès 1999 Alain Mertz