Der botanische Garten Pruntrut ist Teil des Musée jurassien des sciences naturelles. Die wichtigsten Pflanzenfamilien, über 80 Rosenarten, 180 verschiedene Irisgewächse, eine Sammlung von Giftpflanzen sowie alte Gemüse- und Obstsorten sind hier vertreten. Ausserdem werden mehr als 800 Blumen aus dem Jurabogen präsentiert. Die Gewächshäuser beherbergen verschiedene Tropenpflanzen, fleischfressende Pflanzen, Orchideen und eine bemerkenswerte Kakteensammlung. Zudem trägt eine Baumschule zum Erhalt der alten Obstsorten aus der Ajoie bei.

1832 fasste die Schulverwaltung des Gymnasiums in Pruntrut die Idee, einen botanischen Garten anzulegen und ernannte im Oktober desselben Jahres François Friche-Joset (1799-1856) aus Delsberg zum ersten Gärtner. Im Jahr darauf wurden die ersten Samen gestreut. Im Gegensatz zum früheren Anlauf von Antoine Lémane 1798 wurde diesmal der Garten um die Hälfte reduziert und der Schwerpunkt auf die Pflanzenwelt des Juras gelegt. Diese Ausgangslage erlaubte es dem Gärtner Friche-Joset, seine Synopsis de la flore du Jura septentrionnal et du Sundgau zu verfassen – ein bedeutendes Werk, das 1856 von F.J. Montanon veröffentlicht wurde. Die Einrichtungsarbeiten dauerten bis 1835. 1839 fand bereits eine erste Vergrösserung und Renovation des Gewächshauses statt. Nach dem Rücktritt von Friche-Joset wurden die Aufgaben des Gärtners und des Pförtners getrennt. Jules Thurmann, Direktor des Mineralienkabinetts (später Musée jurassien des sciences naturelles), hatte die Leitung inne (1832-1854). Der neue Gärtner hiess J. Lapaire (1843-1854), Verfasser eines Bandes mit Aquarellen über die Plantes spontanées du Jura (1841).
1854 übernahm Jean-Napoléon Vernier die Leitung des Gartens von Thurmann und Lapaire. Später wurde sie zusammen mit der Leitung der Sammlungen Professor Ducret (1868-1875) und danach Frédéric-Louis Koby übertragen. Koby veranlasste die Anlegung eines alpinen Gartens, der 1922 vollendet wurde. In dieser Zeit wirkten Joseph Seuret (1867-1908) und Adolf Schmid (1908-1952) als Chefgärtner.
Der Nachfolger Joseph Tièche (1952-1986) reorganisierte den Garten in vier Bereichen neu: Rosengarten, Baumschule, Dauerpflanzen und die Nutzpflanzen. Er eröffnete 1961 neue Gewächshäuser.
Unter der Leitung von François Guenat wurde 1970 der alpine Garten durch einen Juragarten ersetzt. 1972 wurde der botanische Garten komplett neu organisiert.

Chefgärtner
1832-1843 François Friche-Joset
1843-1854 J. Lapaire
1854-1867 Napoléon Vernier (gleichzeitig Direktor des Museums)
1867-1908 Joseph Seuret
1908-1952 Adolf Schmid
1952-1986 Joseph Tièche
1986-1999 Charles Brebeck
Seit 1999 Alain Mertz