Le Cercle d'études scientifiques (CES) de la Société jurassienne d'Émulation (SJE) est fondé à Delémont le 6 mars 1971, soit une année après le premier cercle d'études de la SJE, le Cercle d'études historiques. Son but est de « promouvoir la recherche scientifique dans le Jura ; de seconder nos savants dans l'élaboration et la diffusion de leurs travaux ; de leur fournir des occasions de contacts, de discussions, de confrontation de leurs recherches et de leurs problèmes ; de dresser l'inventaire des recherches à faire » (ASJE, 1997, p. 32). Un comité provisoire est nommé avec à sa tête Charles Terrier, professeur à l'Université de Neuchâtel. Les statuts sont adoptés le 23 septembre 1972 à Porrentruy. Ses activités sont multiples : colloques, conférences, visites et excursions, publications dans les Actes de la SJE. En 1982, il collabore à l'ouverture du Musée jurassien des sciences naturelles à Porrentruy, l'un de ses premiers projets (aujourd’hui intégré à JURASSICA).
Le CES décerne deux prix :
Le Prix des étudiants dans le but de récompenser des travaux dans le domaine des sciences naturelles, des sciences de l’environnement et des sciences de l’ingénieur, réalisés par des personnes domiciliées dans le Jura, ou jurassiennes d’origine, ou qui concernent le Jura historique.
Le Prix Jules Thurmann, décerné tous les cinq à dix ans à des auteurs jurassiens ou des travaux scientifiques consacrés au Jura dans le domaine des sciences naturelles.

Président(e)s :
1971-1977 Charles Terrier
1977-1999 Pierre Reusser
1999-2005 Jean-Claude Bouvier
2006-2011 Geneviève Méry
2012-2016 Jean-Pierre Sorg
2017 vacant
2018- Jean-Jacques Feldmeyer