Issu de la famille des nobles d'Asuel. Fils de Jean-Ulrich. Marié à Jeanne de Rougemont (1413), issue de la noblesse du comté de Bourgogne. Père d'Antoine, Jean Lutold, Jean-Ulrich et Thiébaud. Décédé avant 1429. La fin du 14e siècle est marquée par l'effacement de l'influence de l'église de Bâle dans l'évêché au profit des sires de Neufchâtel. Pour les Asuel, cette situation est difficile : vassaux de l'église de Bâle, ils possèdent plusieurs terres dans la proche Alsace et vivent dans une Ajoie vendue au comte de Montbéliard dès 1386. Sans être absolument désastreuse, la situation financière de J.-B. est cependant nettement moins bonne que celle de son père. Obligé à hypothéquer certains de ses biens, il est aussi contraint, à plusieurs reprises à emprunter de l'argent à la bourgeoisie. Comme son grand-père, Ulrich-Thiébaud, J.-B. s'engage au service de la Maison d'Autriche. De 1424 à 1426, il est bailli de Delle, chef-lieu d'une seigneurie alsacienne francophone en bordure de l'Ajoie. Il est aussi au service de la comtesse Catherine de Bourgogne, veuve de Léopold IV de Habsbourg, qui lui confère le titre de hofmeister (maître d'hôtel). De 1424 à 1426, une guerre, très cruelle pour la population rurale, ravage les terres de l'évêché. Peu après son accession au siège épiscopal, 1436 Jean de Fleckenstein entreprend de dégager Saint-Ursanne de la tutelle des sires de Neufchâtel. Suite au refus de ces derniers de s'incliner, l'évêque, allié aux bourgeois de Bâle et des villes d'Alsace (hostiles aux Bourguignons), prend par surprise plusieurs forteresses. J.-B. adhère à la Ligue des cités alsaciennes, tout comme la comtesse Catherine. Peu avant que la paix soit officiellement déclarée, une trêve est signée en mars 1426 lors de laquelle J.-B. est désigné comme l'un des principaux capitaines de Jean de Fleckenstein. Durant tous ces événements, J.-B. est donc à cheval entre deux mondes, ceux qui s'affrontent pour contrôler la Bourgogne et la Haute Alsace.