Originaire de Courtételle. Né le 6 juin 1974 à Moutier. Fils de Laurent Schaffter, ancien ministre du Gouvernement jurassien, et de Françoise Schaffter-Dupuis, coiffeuse. Petit-fils de Joseph Schaffter, petit-neveu de Roger Schaffter. Epouse Françoise Schaffter-Gerber, employée de commerce. Deux enfants, Lucie (2003) et Matthieu (2009). Catholique.
Maturité économique au Lycée cantonal de Porrentruy (1993), licence en sciences politiques à l'Université de Lausanne (1993-1997), diplôme de journaliste RP au Centre romand de formation des journalistes à Lausanne (1997-2000) et certificats en management public à l'IDHEAP à Lausanne (1999-2002).
S. travaille comme journaliste RP au Quotidien jurassien (1997-2000), puis comme responsable de la communication à la Banque Cantonale du Jura (BCJ, 2000-2004) et comme directeur de région à CarPostal Suisse SA (2004-2010). Depuis 2010, il est propriétaire et directeur-général du Centre d'impression Le Pays SA.
Membre du Parti chrétien-social indépendant (PCSI) depuis 1992, il devient conseiller municipal de la ville de Porrentruy en 2005. C'est lors de ce mandat qu'il contribue à soumettre à la population bruntrutaine le projet de rénovation de la salle de spectacles de l'Inter. Lors des élections municipales de novembre 2012, il est élu maire de Porrentruy en devançant le candidat PDC, Pierre-Arnauld Fueg de justesse, par 28 voix. Ce résultat est alors qualifié d'historique car depuis 116 ans, la mairie était toujours restée aux mains du PDC ou du PLR. S. n'entre pourtant jamais en fonction. Peu après l'élection, le résultat est remis en cause par un recours déposé au Tribunal de première instance pour violation des droits politiques parallèlement à l'accusation de fraude électorale lancée par deux citoyens. En mars 2013, le tribunal annule le résultat du second tour électoral. Après le rejet d'un recours porté par S., c'est la Cour constitutionnelle qui, le 2 juillet 2013, invalide définitivement le second tour du scrutin et ouvre ainsi la voie à un "troisième tour" de l'élection. S. se porte à nouveau candidat aux élections du 27 octobre 2013, mais, cette fois, il perd contre son ancien rival Pierre-Arnauld Fueg. Déçu, il démissionne du Conseil municipal quatre jours après.
En 2015, il est élu député au Parlement jurassien et devient membre de la commission de la Formation et des Affaires extérieures (depuis janvier 2016). Président du PCSI depuis février 2016. Membre du Mouvement autonomiste jurassien MAJ.
En 2019, il est candidat malheureux au Conseil national.
Sur le plan économique, S. s'engage comme président du conseil d'administration du Centre d'impression Le Pays SA, président de la Région Ouest de l'association VISCOM (arts graphiques) et membre du conseil d'administration de la Librairie-Papeterie Le Pays SA. En novembre 2017, il est élu président de l'Union du commerce d'Ajoie et de Clos-du-Doubs UCA. Membre du comité directeur et du conseil d'administration du Hockey-Club Ajoie SA.