Le Mouvement autonomiste jurassien (MAJ) est fondé le 20 mars 1994, par une fusion des deux mouvements séparatistes, Unité jurassienne et le Rassemblement jurassien (RJ). Le siège est à Moutier. Le but fondamental de l'organisation reste le même: « le Mouvement autonomiste jurassien (RJ/UJ) a pour but d'affranchir le peuple jurassien de la domination bernoise. Il lutte pour un Etat souverain, membre de la Confédération suisse, formé des territoires concernés par l'acte de libre disposition du 23 juin 1974. D'autres solutions peuvent aboutir à la réalisation du but statutaire. » (article 1 des statuts).

Principaux dirigeants du MAJ en 2006:

Président : Christian Vaquin

Secrétaire général : Pierre-André Comte

Vice-président (e)s : Chantal Mérillat et Joël Lachat

Secrétaire généraux-adjoints : Jean-Pierre Chapuis et Jean-Marie Koller

Présidents :

1947-1954 Daniel Charpilloz

1954-1965 André Francillon

1965-1980 Germain Donzé

1980-1991 Bernard Mertenat

1991-2012 Christian Vaquin

Dès 2012 Laurent Coste

Secrétaires généraux:

1947-1950 Roger Schaffter

1950-1953 Pierre Bilieux

1953-1993 Roland Béguelin

Dès 1993 Pierre-André Comte

Précisions quant à l'appellation du mouvement :

1947-1951 Mouvement séparatiste jurassien (MSJ)

1951-1994 Rassemblement jurassien (RJ)

Dès 1994 Mouvement autonomiste jurassien (RJ-UJ)