Communauté fondée en 1619 à Porrentruy et dont les soeurs suivent la règle des filles de Sainte-Ursule, modifiée et adaptée selon les instructions de la fondatrice de l'ordre Anne de Xainctonge et transcrite en 1623 (dite "règle de 1623"). Après deux ans de noviciat, elles prononcent les voeux de chasteté et de stabilité, auxquels on ajoute dès 1622 (après la mort d'Anne de Xainctonge) les voeux de pauvreté et d'obéissance. L'aspect novateur fut sans conteste la non-clôture, contraire aux exigences du concile de Trente. Bien que cette option fit scandale à l'époque, la fondatrice la jugeait indispensable à l'instruction offerte gratuitement aux filles et femmes de toutes conditions sociales. Cet objectif apostolique d'édification et d'instruction constituant la raison d'être des ursulines, qui doivent s'intégrer à la vie locale, se suffire matériellement (la communauté s'assure l'indispensable par le revenu des dots) et être absolument indépendantes des autres maisons. L'exemple des Pères jésuites a été déterminant, et, à l'instar d'Anne de Xainctonge qui en fit ses confesseurs, ceux-ci furent les directeurs de conscience et prédicateurs attitrés, voire exclusifs (jusqu'en 1773) des ursulines. La maison de Sainte-Ursule à Porrentruy a été précédée d'une confrérie de Sainte-Ursule (1613) formée de filles provenant de Porrentruy et de Saint-Hippolyte (Doubs, F), approuvée en 1615, qui tenait école pour les filles sous la direction spirituelle du Père jésuite du collège de Porrentruy. Au vu de son succès, la confrérie sollicite une aide matérielle du prince-évêque de Bâle, aide accordée par Hélène Rinck de Baldenstein, soeur du prince-évêque. L'influence des fondations d'Anne de Xainctonge en Franche-Comté voisine est indéniable. En effet, sur proposition du prince-évêque, les fondatrices de Porrentruy, Jeanne Chevrolet et Marthe Spring, allèrent se former auprès des ursulines d'Anne de Xainctonge à Dole. La première maison des ursulines étant devenue rapidement trop exigüe, elles intrègrent leur tout nouveau couvent en 1625, bâtiments construits et offerts par le prince-évêque Guillaume Rinck de Baldenstein (agrandis en 1683-1686). Non contentes d'instruire religieusement les enfants, les ursulines se soucient également d'encadrer la persévérance chrétienne des adultes par des congrégations érigées en leur église. La plus célèbre, la congrégation du Sacré-Coeur, est approuvée par le pape Clément XI en 1701. En 1782, les écoles des ursulines comptent 120 élèves à Porrentruy. Suite à l'occupation française, les ursulines procèdent à leur séparation. La plupart se retirent chez leurs parents, deux se réfugient à Fribourg (Suisse), et seules trois (en habits séculiers) continuent d'assurer l'enseignement. Le couvent devient une prison, puis est transformé en prison pour femmes (1794), avant de devenir une caserne (1795). Les biens sont nationalisés, et les biens-fonds vendus aux enchères. Deux commerçants de Bâle acquièrent couvent et église pour en faire une fabrique de tabac. Après moult péripéties, le propriétaire bâlois accepte de revendre le couvent et l'église en 1818, et les ursulines, qui ont appelé leurs soeurs de Fribourg à la rescousse, entreprennent de reprendre possession des lieux. La nouvelle communauté est reconnue par Berne en 1819, et on ouvre à nouveau des classes d'école, puis un pensionnat. La nouvelle construction, dont le plan est signé Schwartzlin, est habitée en 1824 et les classes y sont aménagées dès 1827. L'église résonne à nouveaux des messes liturgiques dès 1829. La prospérité revenue, la communauté essaime, notamment à Saignelégier (1836) et Damvant (1865). Cependant, après la promulgation des articles de Baden, les relations avec les autorités bernoises deviennent tendues. L'établissement compte alors 210 élèves externes et 33 pensionnaires, et l'on agrandit, sur les plans de l'architecte-géomètre Vallat (1863). Malgré cela, la situation s'envenime, et après le vote de 1868, le conseiller d'Etat Johann Jakob Kummer profère l'interdiction d'enseigner, malgré une pétition munie de 10'000 signatures et l'interventions des députés conservateurs Xavier Kohler et C. Folletête. Ces derniers, au nom de la bourgeoisie, engagent les soeurs à poursuivre leur activité, sous le couvert d'une école dite spéciale ou libre. Mais le Kulturkampt fait rage, et, après une enquête sur la prétendue affiliation des ursulines avec les jésuites, les autorités bernoises promulguent un arrêté qui prononce la dissolution de la communauté (1874). Les soeurs s'exilent à Maîche (Doubs, F), et ouvrent un nouveau couvent en 1875, qui reprend sa mission d'enseignement. A Porrentruy, l'école libre est maintenue par les soins de Xavier Kohler et de sa fille. En 1879, un comité de dames a ouvert une classe enfantine confiée à deux ursulines, revenues clandestinement. Trois autres reprennent discrètement leur enseignement à l'école libre en 1888, deux en 1893 et encore une en 1896. En France, les lois Combes imposent la fermeture de Maîche et l'expulsion des soeurs en 1903, qui reviennent en toute discrétion à Porrentruy et reprennent peu à peu la totalité de l'enseignement libre. Elles rouvrent un pensionnat dans leurs anciens bâtiments, désormais propriété de la Société des Oeuvres catholiques. Pour assurer la continuité de l'école libre, on établit des statuts officiels fixant les buts et les moyens en 1930. C'est à cette époque que soeur Louise Julliard reprend les pourparlers en vue d'une union avec les ursulines de Bruges et de Tours, raison pour laquelle il n'y a pas d'élection durant la période de 1921-1935. Au début du XXe siècle, en proie à d'énormes difficultés matérielles et les menaces politiques toujours à craindre, la communauté ajoulote avait noué de solides liens avec d'autres maisons d'ursulines, telles celles de Belgique. La question de l'union avait aini déjà été à l'ordre du jour avant la Première Guerre mondiale, mais cette dernière ainsi que les crises économiques avaient renvoyé ce projet à des jours meilleurs. Pourtant, c'est vers Fribourg en Suisse que la communauté se tourne dès 1943 et fait une demande appuyée par Mgr François von Streng et le vicaire général Eugène Folletête. Dès 1947, au terme d'une période d'essai de quatre ans (jusqu'aux élections de 1947) et afin d'assurer leur perennité, les vingt-sept ursulines de Porrentruy fusionnent avec celles de Fribourg, dont la maison de Porrentruy devient désormais une filiale.

Supérieure des Ursulines de Porrentruy: 1619-1620 Anne Altériet 1620-1623 Jeanne Chevrolet 1623-1626 Pernette Cuénot 1626-1629 Anne Altériet 1629-1635 Clémence Echeman 1635-1642 Pernette Cuénot 1642-1647 Clémence Echeman 1647-1650 Françoise Bassand 1650-1653 Clémence Echeman 1653-1656 Elisabeth Vergier 1656-1659 Clémence Echeman 1659-1660 Marie-Ursule de Wangen 1660-1663 Anne-Vuillemette Guyer 1663-1669 Elisabeth Choulat 1669-1672 Elisabeth de Bietenheim 1672-1675 Elisabeth Choulat 1675-1678 Elisabeth de Bietenheim 1678-1681 Elisabeth Choulat 1681-1684 Elisabeth de Bietenheim 1684-1687 Jeanne-Françoise Litzlerin 1687-1693 Elisabeth de Bietenheim 1693-1699 Jeanne-Françoise Litzlerin 1699-1702 Marie-Catherine Minck 1702-1705 Marie-Françoise Mendlin 1705-1708 Jeanne-Françoise de La Brêche 1708-1711 Marie-Marthe Brahier 1711-1714 Jeanne-Françoise de La Brêche 1714-1717 Marie-Marthe Brahier 1717-1720 Marie-Françoise Mendlin 1720-1726 Marie-Marguerite Guélat 1726-1729 Marie-Marthe Brahier 1729-1732 Marie-Béatrice Bassand 1732-1735 Marie-Marguerite Guélat 1735-1738 Marie-Béatrice Bassand 1738-1739 Marie-Marguerite Guélat 1740-1746 Marie-Marthe Brahier 1746-1752 Marie-Rose Choulat 1752-1755 Marie-Ursule Erard 1755-1758 Marie-Françoise Buthod 1758-1761 Marie-Ursule Erard 1761-1767 Marie-Xavier Choulat 1767-1770 Marie-Ursule Erard 1770-1776 Pierrette Vautherain 1776-1782 Marie-Françoise Buthod 1782-1788 Stanislas Maithuat 1788-1793 Marianne Marchand 1818-1833 Marie-Elisabeth Farine 1833-1839 Fortunée Galley 1839-1842 Généreuse Bossat 1842-1848 Fortunée Galley 1848-1854 Stanislas L'Hoste 1854-1857 Marie-Joseph Farine 1857-1860 Marie-Ignace Bouverat 1860-1869 Clémence Vallat 1869-1878 Marianne Hug 1878-1881 Marie Rérat 1881-1887 Marianne Hug 1887-1893 Constance Joset 1893-1899 Marie Rérat 1899-1902 Constance Joset 1902-1921 Anna Kugelin 1921-1935 Louise Juillard 1935-1941 Thérèse Wolfelsperger 1941-1947 Elisabeth Huguelit