C’est au XII^e s. qu’est fondée l'abbaye de Bellelay. Les bâtiments conventuels, reconstruits de 1728 à 1738 suite à plusieurs incendies, sont abandonnés par les prémontrés en 1797, suite à la suppression de l’abbaye.
En 1798, ils sont rachetés par Frédéric Japy. Il y installe une fabrique d’horlogerie qui fermera ses portes en 1804. Abandonnés pendant plusieurs années, les bâtiments sont revendus par la famille Japy au gendre de Frédéric, Jean-Pierre Monnin (1777-1853) en 1817. Ce dernier y installe une brasserie active jusqu’en 1870 et dès 1859, une verrerie active jusqu’en 1891. A cette date, les bâtiments sont vendus par la famille Monnin à l’Etat de Berne.
En 1899, ils sont transformés en hôpital psychiatrique. Il existe alors deux autres établissements du même type dans le canton de Berne, la Waldau à Berne fondée en 1855 et Münsingen en 1895, ainsi que différents asiles privés, par exemple à Bienne (1831) et à Reconvilier (1843). Néanmoins, ces établissements sont surchargés, ce qui crée un réel problème. En effet, les malades qui ne peuvent être soignés sont parfois mis en prison ou envoyés dans des asiles à l’étranger.
Dès 1850, pour remédier à cette situation, s’élèvent des demandes issues de personnalités jurassiennes. C’est le cas par exemple de la Société jurassienne d’Emulation (SJE). En 1876, le Dr. Samuel Schwab rend public un rapport proposant d’installer à Bellelay deux établissements dont le canton de Berne a besoin pour cause de surpopulation : une maison de travail obligatoire (il n’y en a alors qu’une pour le canton, à Thorberg) et un asile pour aliénés (Bellelay serait alors une sorte de succursale de la Waldau, où l’on accueillerait uniquement les malades chroniques). Cette proposition de lier deux institutions différentes en un même lieu ne fait de loin pas l’unanimité et il faut attendre 1884 pour qu’une délégation de trois conseillers d’Etat visite l’abbaye en vue d’un éventuel achat. Il n’est alors plus question d’y installer un asile pour aliénés mais uniquement un pénitencier. Le 30 novembre 1890, le Grand Conseil bernois se prononce en faveur de l’achat des bâtiments bien que leur affectation n’ait pas encore été déterminée. C’est finalement en 1894 qu’il se décide et alloue une somme de 383'000.- pour la transformation des bâtiments en asile d’incurables.

La clinique de Bellelay ouvre ses portes le 20 avril 1899. Le 15 mai, elle compte 151 malades, un nombre qui augmente rapidement : 302 en 1904, 328 en 1908, 340 en 1921. Les débuts sont difficiles. On manque de place et d’argent, alors que les bâtiments sont en très mauvais état (il faut par exemple attendre 1960 pour qu’on commence à rénover les cuisines datant de 1899 !). La surpopulation de la clinique va être un problème récurent. En 1931, on inaugure un nouveau pavillon mais qui ne devient véritablement opérationnel qu’en 1937.
L’évolution du nombre des patients peut être découpée en quatre périodes. De 1899 à 1930, le nombre de patients augmente lentement, passant de 240 à 346. De 1931 à 1938, l’augmentation est beaucoup plus forte pour arriver jusqu’à 514 (due notamment à la promulgation du décret du 21 janvier 1930 qui autorise Bellelay à traiter toutes les maladies mentales, aussi bien curables qu’incurables). De 1938 à 1958, le nombre se stabilise autour de 500. Et finalement, dès 1958, il diminue et arrive à 130 en décembre 2005 (il y a par contre 819 personnes soignées sur toute l’année, signe de meilleurs résultats de guérison et donc d’un taux moins élevé de malades incurables).
Une autre difficulté qui marque l’établissement durant toute la première moitié du XX^e s. est une importante pénurie de main-d’oeuvre qui peut s’expliquer par diverses raisons. La situation isolée de l’établissement et le peu de moyen de communication pour y accéder. La mauvaise connaissance qu’on a du métier d’infirmière qui souffre ainsi d’une mauvaise réputation. Le succès dans la région de l’industrie horlogère. Et finalement la pénurie de logements pour le personnel. Bien que de nouveaux bâtiments soient construits en 1924 puis en 1939, dans les années 1940, la pénurie de logement s’aggrave et touche aussi les médecins. Il faudra attendre les années 1950 pour que ce problème soit réglé, grâce aux fonds publics et à l’initiative privée puis à la constitution de la Société coopérative des employés de Bellelay qui va construire plusieurs maisons successivement jusqu’à la création de véritables quartiers.
Dès 1946, de nouvelles lois permettent d’engager du personnel étranger qui va dès lors représenter un pourcentage important (en 1947, sur 47 infirmières, 32 sont étrangères) qui ne va cesser de croître. Dans les années 1950 et 1960, le personnel étranger, notamment italien, est employé dans diverses fonctions, aussi dans l’administration et l’économat.

En juin 1968 s’ouvre un atelier protégé à Tavannes qui doit accueillir des pensionnaires de Bellelay aptes à travailler ou dans le cadre d’un stage de réadaptation. Plus tard, un centre psychiatrique sera aussi ouvert dans la commune.
Dès 1979, on commence à envisager de fermer la clinique de Bellelay. En effet, le Dr. Van, qui en est alors le directeur, met en avant l’importance pour les malades de ne pas être isolés comme c’est le cas à Bellelay qui ne se situe pas en zone habitée. En plus, l’infrastructure ne correspond plus du tout à la psychiatrie moderne. En 1987, le gouvernement mandate le groupe de travail « Promotion Bellelay » dirigé par Joseph Flach (directeur général de Boillat SA) et comprenant Guy Chevrolet (secrétaire général de Boillat SA), Emile Gauchat (président de l’Office du tourisme du Jura bernois), Ernest Zaugg (directeur de la Banque cantonale de Berne à Moutier), Jean-Jacques Schumacher (professeur), dans le but de déterminer quelles pourraient être les nouvelles affectations des bâtiments de Bellelay.
En mars 1988, trois variantes sont proposés au gouvernement. Une simple transformation de la clinique actuelle ; la création d’un hôtel-séminaire ; la création d’un centre artistique « Impulsorium ». Cette dernière solution étant retenue, la Fondation Impulsorium est créée le 15 avril 1989. En septembre de la même année, le rapport du groupe de travail est déposé auprès du gouvernement bernois. Il préconise la création d’un centre artistique à Bellelay et la construction de deux nouvelles cliniques dans des communes du Jura bernois.
Durant l’année 1991, cet ambitieux projet va cependant être abandonné en raison des réticences évidentes de la part du canton qui préférerait garder la gérontopsychiatrie à Bellelay et créer une nouvelle clinique à Tavannes, Corgémont ou Sonceboz. En 1995, le Grand Conseil accepte un projet prévoyant la création de trois unités décentralisées de douze lits et le maintien de la gérontopsychiatrie à Bellelay.
Dès 1998 cependant, la Direction de la santé publique et de la prévoyance sociale du canton de Berne a de nouveaux projets. Elle envisage en effet de rattacher sur le plan organisationnel deux services alors autonomes : le Service psychiatrique du Jura bernois de Tavannes (rattaché à l’Hôpital régional de Bienne) et la Clinique psychiatrique de Bellelay. Cette fusion donnerait naissance aux « Services psychiatriques du Jura bernois », qui assumeraient la responsabilité de l'ensemble des soins psychiatriques publics.
Finalement, dès le 1er janvier 2001, la clinique de Bellelay et le centre psychiatrique de Tavannes rejoignent encore la clinique psychiatrique de Bienne au sein des « Services psychiatriques Jura bernois - Bienne-Seeland (SPJBB) ».
Entretemps, en 1999, la Commission de gestion (CG) décide de renoncer au projet de construction, à Corgémont, d'une unité décentralisée de la Clinique psychiatrique de Bellelay. Elle demande le réexamen du concept de décentralisation de la psychiatrie dans le Jura bernois et propose que l'unité soit intégrée dans un bâtiment existant.
Pour l'anecdote, rappelons qu'en 1996, le docteur Van a pour patient pendant une dizaine de jours (14-22 août) le célèbre joueur de football Diego Armando Maradona, pour soigner ses problèmes liés à sa dépendance à la drogue. Le traitement était ambulatoire, le joueur ne séjournant pas à la clinique, mais à l’Hôtel « Jean-Jacques Rousseau » à La Neuveville.