Créé en 1986 par ordonnance gouvernementale, sous l'impulsion de l'historien Bernard Prongué, chef de l'Office du patrimoine historique, le CER a son siège à Porrentruy, à l'Hôtel des Halles. Organe de concertation, il regroupe au sein de sa commission les principaux services culturels de la République et Canton du Jura et les associations culturelles : Office du patrimoine historique, Archives et Bibliothèque cantonales, Section d'archéologie, Collection jurassienne des Beaux-Arts, Affaires culturelles, la Coopération, la Fondation des Archives de l'ancien Evêché de Bâle et les principales associations jurassiennes (Société jurassienne d'Emulation, Institut des sciences, des lettres et des arts, Société des peintres, sculptures, architectes suisses, Association pour la défense des intérêts du Jura et Pro Jura). Le but principal du CER est de « contribuer à la promotion de la culture jurassienne et à son rayonnement à l'extérieur du canton ». Depuis 1987, il édite un annuaire, Jurassica qui reflète les principales activités culturelles dans le Canton et présente le résultat des études réalisées ou des recherches en cours. De 1991 à 1995, le CER a aussi publié onze ouvrages dans la collection « Documents, études et recherches d'histoire jurassienne ». L'Espace d'art contemporain, aménagé dans l'Hôtel des Halles, est aussi le fruit du travail du CER. Le CER est supprimé en 2004, essentiellement pour des raisons budgétaires.