L'Hôpital de Porrentruy est fondé le 1er novembre 1406 par un acte de fondation des bourgeois de la commune. Le bâtiment est construit à l'ouest de la vieille ville et est destiné à abriter, à nourrir et, dans une certaine mesure, à soigner les indigents. Au XVIIIe s., le bâtiment, très vétuste, menace de s'écrouler. On discute alors de la construction de nouveaux locaux et en juillet 1760, l'Ordonnance pour le rétablissement de l'hôpital est acceptée. Outre la décision de construire de nouveaux locaux, elle redéfinit aussi son organisation, notamment en confiant les soins à des religieuses hospitalières. La Bourgeoisie confie à l'architecte bisontin Pierre-François Pâris la construction du nouvel hôpital situé sur le terrain de la Franche Courtine, au coeur de Porrentruy : l'Hôtel-Dieu qui accueille aujourd'hui le Musée de l'Hôtel-Dieu. Les travaux débutent en 1762 et s'achèvent en 1765. On peut distinguer deux étapes dans l'évolution de l'hôpital de Porrentruy. La première de 1815 à 1870 durant laquelle il est administré par la bourgeoisie ; la deuxième dès 1870 quand l'hôpital est cantonalisé. Sous la direction de la bourgeoisie, la vocation médicale de l'établissement reste limitée. En effet, l'hôpital est avant tout une fondation caritative dont le but est de venir en aide à une population marginalisée et pauvre, où la religion est omniprésente et où l'aumônier est le personnage principal. Au cours du XIXe siècle, plusieurs travaux d'extension et d'aménagement sont effectués (en 1828, 1841 et 1853), dus notamment à l'augmentation du nombre de malades (124 en 1820, 573 en 1870). La médicalisation atteint son point culminant sous la direction du Dr Ernest Daucourt (1848-1870) : ouverture d'une salle d'opération (1848), déplacement des vieillards dans un bâtiment annexe (1853). Le processus de médicalisation ne va cependant pas plus loin. La bourgeoisie fait en effet preuve d'une politique conservatrice et peu visionnaire dans leur gestion alors que la religion garde une place importante et que l'on refuse de se consacrer uniquement aux malades. Ce fort acharnement de la bourgeoisie à garder la mainmise sur l'hôpital s'explique par sa forte opposition au radicalisme et donc sa crainte d'une intervention de l'Etat dans les affaires de l'établissement. En 1870 pourtant, la gestion de l'hôpital passe en mains radicales qui vont alors donner à son développement une nouvelle direction. Au niveau administratif, un nouveau gérant, Auguste Pape (décédé en 1881, fonctionnaire à la maison de force de Porrentruy puis gérant de l'hôpital de 1870 à 1881) et deux nouveaux médecins sont nommés. Une forte tentative de laïcisation (suppression du poste d'aumônier, subordination des hospitalières à la direction et limitation de leur nombre à dix) atteint cependant sa limite dans les années 1880 quand on se retrouve confronté à un manque de personnel qualifié alors qu'en parallèle l'hôpital se développe et accueille toujours plus de monde. Après 1918, l'anticléricalisme diminue de façon significative et dès 1939-1940, les soeurs peuvent suivre une formation professionnelle d'infirmière à l'hôpital de Fribourg. La capacité d'accueil se développe aussi alors que les vieillards en bonne santé ne sont plus accueillis. Finalement plusieurs améliorations techniques s'ajoutent à cette évolution : adoption de l'aseptie en 1894, installation de rayons X en 1905, ouverture d'une salle d'opération en 1909, ouverture d'une salle de maternité en 1928, mesures d'hygiène générales (eau courante en 1892, chauffage central en 1902). Dès les années 1860, on parle de la construction de nouveaux bâtiments. Des problèmes politiques puis financiers et finalement les deux guerres mondiales empêchent ces projets de se réaliser. Il faut attendre la fin des années 1940 pour que les choses se concrétisent et 1956 pour que le nouvel hôpital ouvre ses portes. Il se trouve sur le versant des «Minoux», dans un périmètre où se trouvait déjà un ancien sanatorium pour malades tuberculeux, construit en 1934. Plusieurs agrandissements sont venus compléter le premier édifice, formant maintenant l'un des quatre sites de l'Hôpital du Jura (H-JU). Au niveau du personnel, l'extraordinaire croissance du système hospitalier (partout en Suisse) après 1945 empêche les religieuses d'y faire face, d'autant plus qu'elles doivent déjà faire face à une crise des vocations. En 1973, elles acceptent de renoncer à toute fonction dirigeante au sein de l'établissement. Le même contrat signé entre l'hôpital de district et la communauté permet aux religieuses d'obtenir un statut équivalent au personnel laïc en ce qui concerne la formation professionnelle, les salaires, les horaires et les congés. Depuis 1975, elles logent dans un nouveau bâtiment indépendant, relié à l'hôpital par une passerelle.

Présidents du Conseil d'administration 1817-1831 Antoine Trincano 1818-1820 Joseph Ignace Kohler 1822-1826 Joseph Ignace Kohler 1828-1832 Joseph Ignace Kohler 1832-1837 Ignace Schwarzlin 1837-1843 Antoine Trincano 1844-1860 François-Xavier Moritz 1860-1861 Joseph Trouillat 1861-1864 Xavier Elsässer 1864-1869 Jean-Baptiste Carraz 1870-1875 Joseph Froté 1876-1878 Joseph Stockmar 1879-1891 Alexandre Favrot 1891-1918 Henri Cuenat 1918-1939 Achille Merguin 1940-1958 Paul Billieux 1959-1962 Sylvain Michel 1963-1966 Joseph Nicol 1966-1970 Joseph Courbat 1971-février 1975 Charles Parietti 1975-1986 Raymond Veya 1989-1992 Ernest Cerf Directeurs 1870-1881 Auguste Pape 1881-1891 Martin Biétry 1891-1897 Alexandre Favrot 1897-1926 Achille Froté 1926-1946 Albert Monnat 1946-juin 1964 Gaston Roth 1964-30.6.1989 Edmond Montavon 1989-avril 1997 Francis Huguelet 1997-2003 Gérard Weissbrodt Dès 1995 : création du Centre de Gestion Hospitalière comprenant les sites de Delémont, Porrentruy, Saignelégier et La Promenade ; Directeur général : Laurent Christe Dès 2003 : création de l'Hôpital du Jura comprenant 4 sites (Delémont, Porrentruy, Saignelégier et la Résidence la Promenade) ; Directeur général : Laurent Christe