C'est le long du Doubs et de la Birse que s'implantent les premiers fabricants de verres dans le Jura.
La verrerie de Moutier trouve ses origines dans la famille française propriétaire de la verrerie de Blancheroche. Célestin Châtelain reprend en 1817 l'entreprise de Roches avant de fonder celle de Moutier, qui ouvre ses portes en 1842.
Célestin Châtelain cède ensuite son commerce à son gendre A. Marschal, qui fait de mauvaises affaires. Après une courte interruption, l'établissement est repris par une société anonyme (1887) sous la direction de M. Labarth. Cette fois encore, les affaires tournent mal et la verrerie est fermée durant deux ans. En 1894, elle est rachetée par Emile Grandpierre, puis mise en faillite en novembre 1900. En 1901, une société anonyme (E. Gressot et Cie), composée de M. Gandry, Glauser et Dirig de Moutier, et d’Ed. Gressot, Simon et Mme veuve H. Gressot de Porrentruy, la rachète à son tour. La direction est confiée à MM. Gandry et Gressot. L'existence de cette nouvelle SA est cependant à nouveau éphémère, et c'est finalement en 1903 que deux associés, J.-B. Boichot et H. Ribollet, rachètent l'usine et parviennent à la relancer et à l'agrandir, et ce malgré un important incendie en 1919. En 1923, on y introduit la mécanisation du travail par le procédé de l'étirage selon le système Libbey-Owens. Après la Deuxième Guerre mondiale, l'entreprise adopte le procédé de la fusion électrique et de l'étirage par le système Fourcault.
En 1955, les Verreries de Moutier SA créent la filiale Verres Industriels SA pour la construction de verres de sécurité.
Au milieu des années 1970, les 250 tonnes produites par mois couvrent les besoins du pays.
En 1976, la découverte d'un nouveau procédé de fabrication (système float) empêche la fabrique de rester concurrentielle et l'oblige à renoncer à la fabrication de verres à vitre. Elle devient une holding en 1978 (les Verreries de Moutier Holding SA, à vocation financière), alors que la filiale Verres Industriels SA se spécialise dans la transformation de verres achetés à l'extérieur en verres spéciaux (isolants, chauffants et de sécurité). Dès 1978, c'est Alexandre Seravalli qui en devient le directeur (suivi par Danilo Carlo Pirotta dès 2007 et Jean Maushart dès 2013). En 2008, l'entreprise emploie près de 200 personnes.
Par la suite, le nombre d’employés diminue graduellement jusqu'à arriver à 160 en 2011. Cette même année, la verrerie est rachetée par le groupe international AGC Glass Europe, dont le siège se situe en Belgique – une branche du groupe japonais Asahi Glass, qui est le principal producteur mondial de verre plat.
Les affaires s'avèrent plutôt difficiles et les licenciements de petits groupes de salariés ne cessent pas après ce rachat. En septembre 2017, l'entreprise annonce finalement qu'elle va cesser la production dans l'année, et qu'entre 80 et 90 des 102 employés restants perdront leur poste, tandis qu'une dizaine de collaborateurs continueront à travailler à Moutier en formant une unité purement commerciale. Le communiqué de la direction justifie ces mesures drastiques en signalant que «l’activité de la société est chroniquement déficitaire depuis de nombreuses années, sans perspectives de redressement» ; ceci est dû aux conséquences de la crise économique de 2008, qui aura touché le marché du bâtiment, à la forte pression sur les prix causée par la concurrence dans les pays de l'Est, ainsi qu’au renchérissement du franc Suisse.