Fondée en 1866 à l'initiative de la section d'Erguël de la Société jurassienne d'Emulation (SJE), l'Ecole d'horlogerie est alors le premier établissement de ce genre en terre bernoise (il n'en existe que trois dans l'arc jurassien, à Genève dès 1814, à La Chaux-de-Fonds dès 1865, et à Besançon). Dans une région où l'industrie horlogère est en pleine expansion, passant du travail à domicile à la fabrication mécanique (la fabrique des Longines est aussi fondée en 1866), il était important d'avoir une école professionnelle pouvant former une main-d'oeuvre qualifiée. C'est en 1865 que la SJE prend alors les choses en main et nomme une commission d'étude de 7 membres (James Jaquet, Guyot, Schwab, Francillon, Jacob, Laval et Charpié) dont le rapport va servir de base à la fondation de l'Ecole d'horlogerie. En 1866, les cours débutent avec un seul maître et trois élèves. L'effectif va néanmoins vite augmenter puisqu'en 1891, l'école compte plus de cinquante élèves. L'évolution technique et notamment le développement du machinisme va permettre à l'école d'ouvrir une section de mécanique en 1896. L'augmentation du nombre d'élèves nécessite alors la construction d'un nouveau bâtiment, inauguré en 1901 puis agrandi dans les années 1960 et 1987-1990. En 1918, sont remis les premiers diplômes de technicien. Cette nouvelle filière va permettre plus tard la naissance du Technicum cantonal puis de l'Ecole d'ingénieurs de Saint-Imier. En parallèle, les formations pratiques vont elles évoluer vers l'Ecole des métiers, renommée Lycée technique en 2001. Ces deux filières, toujours sous le même toit, ont la même direction jusqu'en 1997. L'offre de formation va se diversifier avec l'enseignement de l'électricité (1935), la micro-mécanique (1965), l'électronique (1978) et l'informatique (1990). Par contre, en 1983, l'atelier d'horlogerie est fermé. En 1961, l'école devient le « Technicum cantonal de Saint-Imier, école technique supérieure jurassienne ». En 1988, le décret cantonal régissant les écoles d'ingénieurs est modifié et permet désormais à l'EISI de collaborer avec l'industrie. En 1990, l'école est ainsi chargée de développer un système pour mesurer la puissance produite par la centrale solaire de Mont-Soleil en fonction de l'irradiation solaire sur les panneaux. En 1998, est créé un Institut interdisciplinaire de recherche appliquée et de transfert de technologie TT-NovateCH à Saint-Imier. En 2000, un nouveau siège est ouvert à Moutier. Au cours du temps, le statut de l'Ecole d'horlogerie va beaucoup changer. D'abord école communale, elle va devenir un Techicum cantonal en 1961 puis une Ecole d'ingénieurs (EISI) en 1976. Dès 1997, l'EISI est intégrée à la HES-BE alors que l'Ecole des métiers s'en sépare pour rejoindre l'Ecole professionnelle de Saint-Imier et devenir l'EMPSI. L'intégration à la HES-BE n'est que transitoire puisque l'EISI se tourne plutôt vers les cantons du Jura (création de l'Ecole d'ingénieurs de l'Arc jurassien (EIAJ) en 2001) et de Neuchâtel avec l'intégration au secteur ingénierie (sites à Saint-Imier et au Locle, antenne à Delémont) de la HE-ARC en 2005. En janvier 2008, cependant, le comité stratégique (Costra) réunissant ces trois cantons décident de réunir toutes les filières de la HE-ARC (arts appliqués, économie, ingénierie et santé) à Neuchâtel dès la rentrée 2011. Le Locle et Saint-Imier perdraient ainsi leur statut de « sites » mais devraient accueillir des centres de formation de proximité et des instituts de recherche. L'EMPSI quant à elle est intégrée au CPAI-JB (Centre professionnel artisanal et industriel du Jura bernois, intégré à son tour au Centre de formation professionnelle Berne francophone (ceff)  en 2010) en 1998. En 2001, l'Ecole de métiers devient le Lycée technique Baptiste-Savoye (LTSI).

Chronologie : 1866 : fondation de l'Ecole d'horlogerie de Saint-Imier 1896 : ouverture d'une section de mécanique, l'école s'appelle désormais Ecole d'horlogerie et de mécanique de Saint-Imier 1901 : construction du nouveau bâtiment 1914 : ouverture de la première division technique supérieure à côté des formations pratiques 1935 : ouverture de la section d'électricité 1961 : devient le Technicum cantonal de Saint-Imier 1965 : ouverture de la section de micro-mécanique 1976 : devient l'Ecole d'ingénieurs de Saint-Imier, EISI (« Ecole Technique Supérieure de l'Etat de Berne, ETS, Ecoles de métiers affiliées ») 1978 : ouverture de la section d'électronique 1990 : ouverture de la section d'informatique 1997 : les Ecoles de métiers se séparent de l'EISI. Elles s'associent avec l'Ecole professionnelle de Saint-Imier pour former l'EMPSI (Ecole de métiers et professionnelle de St-Imier) et a désormais son propre directeur. L'EISI est elle intégrée à la HES-BE. 1998 : l'EMPSI est intégré au CPAI-JB 2001 : l'Ecole des métiers devient Lycée technique de Saint-Imier (LTSI) 19.6.2001 : accord entre le canton de Berne et celui du Jura qui fonde l'Ecole d'ingénieurs de l'Arc jurassien (EIAJ) avec des sites à Saint-Imier et à Porrentruy 1.1.2005 : l'EIAJ est intégrée au secteur ingénierie de la HE-ARC (sites à Saint-Imier et au Locle, antenne à Delémont) 1.2008 : décision de regrouper toutes les formations de la HE-ARC (arts appliqués, économie, ingénierie et santé) à Neuchâtel en 2011