Le Cercle d'archéologie de la Société jurassienne d'Emulation (SJE) est fondé le 7 décembre 1990 à Moutier. Il naît de la rencontre d'un groupe de Bruntrutains passionnés d'archéologie et du Service cantonal d'archéologie, survenue dans le cadre des fouilles possibles sur le chantier de la Transjurane. Claude Juillerat en est nommé président, alors que François Schifferdecker, archéologue cantonal, en est nommé secrétaire, poste qu'il occupe jusqu'en 2011.
Les principaux buts du Cercle d'archéologie sont de « sensibiliser le public et le milieu scolaire à notre passé par la vulgarisation des découvertes archéologiques ; encourager les travaux et les recherches de ses membres ; veiller à la mise en valeur de notre patrimoine archéologique » (ASJE, 1997, p. 34).
Ses activités sont nombreuses et variées : excursions, visites de chantiers ou de musées, ateliers d'expérimentation sur les chantiers, conférences et publications. Il soutient notamment la publication et la diffusion d'ouvrages traitant d'archéologie régionale et participe à la collection des Cahiers d'archéologie jurassienne (CAJ) publiés par l'Office du patrimoine historique et la SJE. Le Cercle a aussi réalisé un guide du Mont-Terri avec l'appui de la Société suisse de préhistoire et d'archéologie, ainsi que le Guide archéologique du Jura et du Jura bernois (1997).

Président(e)s :
1990-1994 Claude Juillerat
1995 – 2012 Raymonde Gaume
2013 – 2014 Vacant
2015 – 2019 Ursule Babey
2020 – Julie Amstutz et Romaine Luisoni, co-présidentes