Le Mouvement autonomiste jurassien (MAJ) est fondé le 20 mars 1994, par une fusion des deux mouvementsséparatistes,Unité jurassienne et leRassemblement jurassien (RJ). Le siège est à Moutier. Le but fondamental de l'organisation reste le même: « le Mouvement autonomiste jurassien (RJ/UJ) a pour but d'affranchir le peuple jurassien de la domination bernoise. Il lutte pour un Etat souverain, membre de la Confédération suisse, formé des territoires concernés par l'acte de libre disposition du 23 juin 1974. D'autres solutions peuvent aboutir à la réalisation du but statutaire. » (article 1 des statuts).

Principaux dirigeants du MAJ en 2006:

Président :Christian Vaquin

Secrétaire général :Pierre-André Comte

Vice-président (e)s : Chantal Mérillat et Joël Lachat, puis Bernard Studer, etNadège Wegmüller depuis 2025

Secrétaire généraux-adjoints : Jean-Pierre Chapuis et Jean-Marie Koller

Présidents :

1947-1954Daniel Charpilloz

1954-1965André Francillon

1965-1980Germain Donzé

1980-1991 Bernard Mertenat

1991-2012Christian Vaquin

2012-2025 Laurent Coste

Dès 2025 Pierre-Alain Fridez

Secrétaires généraux:

1947-1950Roger Schaffter

1950-1953 Pierre Bilieux

1953-1993Roland Béguelin

Dès 1993Pierre-André Comte

Précisions quant à l'appellation du mouvement :

1947-1951 Mouvement séparatiste jurassien (MSJ)

1951-1994 Rassemblement jurassien (RJ)

Dès 1994 Mouvement autonomiste jurassien (RJ-UJ)