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Selon la Constitution de la République et canton du Jura, le Gouvernement jurassien se compose de cinq membres (art. 93) éluˑeˑs pour une période de quatre ans (art. 65), puis cinq ans dès 2011, et qui sont communément appeléˑeˑs ministres. L’élection a lieu selon le scrutin majoritaire à deux tours. L’Assemblée constituante rejette une proposition du groupe libéral-radical visant à élire le Gouvernement selon le système proportionnel.

Les premières élections au Gouvernement sont marquées par la Question jurassienne et par le désir des quatre principaux partis politiques ayant œuvré en faveur de la création d’un canton du Jura (Parti chrétien-social indépendant, PCSI ; Parti démocrate-chrétien, PDC ; Parti radical réformiste, PRR ; Parti socialiste, PS) de se réserver les fonctions dirigeantes du nouvel État, au détriment du Parti libéral-radical (PLR), antiséparatiste. C’est ainsi qu’après l’élection au premier tour de François Lachat PDC), une liste d’ «Entente jurassienne» permet l’élection d’un second PDC, d’un PCSI, d’un PS et d’un PRR. Cette «coalition du 23 juin» ne survit toutefois pas à la première législature. Des dissensions d’ordre politique mènent le PS à se présenter seul devant le souverain en 1982, tandis que PDC, PCSI et PRR restent alliés lors du premier tour de scrutin. La composition du Gouvernement n’en est cependant pas affectée jusqu’en 1986. Avec le départ de Roger Jardin, le PRR disparaît de la scène politique jurassienne et voit son siège repris par le PLR.

Une nouvelle répartition des forces politiques au sein du Gouvernement se fait en 1993, lors des élections partielles consécutives au retrait de François Mertenat (PS) et de Gaston Brahier (PLR). Ces élections voient en effet le PS et le PLR passer dans l’opposition, avec l’arrivée d’une militante d’un petit parti d’extrême-gauche, Odile Montavon (Combat socialiste, CS) et d’un candidat n’ayant pas reçu l’investiture de son parti, le PDC Pierre Kohler. Pendant une dizaine d’années, le PDC détient ainsi la majorité absolue au sein du Gouvernement, avec trois ministres, tandis que radicaux et socialistes récupèrent leur siège en 1994, au détriment du PCSI et de CS.

Un nouveau rééquilibrage des forces a lieu en 2002. Le PDC perd la majorité absolue tout en conservant deux sièges, le PS gagne un second siège, et le PCSI fait son retour. Le PLR devient alors un parti d’opposition. Lors des élections de novembre 2006, le Gouvernement bascule à droite. Le PDC conserve ses deux sièges alors que le PS en perd un au profit du PLR. Michel Probst, l’élu du PLR, arrive en outre en tête des élections. Le PCSI conserve son siège avec le ministre Laurent Schaffter. Ce dernier est le grand perdant des élections de novembre 2010, qui signent le retour d'un second ministre PS au gouvernement. Le PS, emmené par sa ministre Elisabeth Baume-Schneider, en tête lors des deux tours, est le grand gagnant de ces élections. Dès 2011, la durée de la législature passe à 5 ans (2011-2015).

En 2015, avec David Eray, le PCSI reprend au PS le siège qu'il avait perdu en 2010. En 2019, Charles Juillard est nommé au Conseil des États et perd ainsi un siège pour le PDC au Gouvernement. En effet, en 2020, la socialiste Rosalie Beuret Siess emporte les élections complémentaires au deuxième tour. Le PDC n’est donc plus le parti fort, et c’est la première fois que deux femmes sont représentées au Gouvernement jurassien durant la même législature. Des élections complémentaires sont organisées en 2024 suite à la nomination de Jacques Gerber (PLR) en tant que délégué du Conseil fédéral pour l'Ukraine : Stéphane Theurillat lui succède dès 2025, le Centre récupérant son second siège par la même occasion.

Les élections de 2025 voient s'imposer une majorité de gauche. Avec l'arrivée de Raphaël Ciocchi et de Valentin Zuber, le Parti socialiste compte alors trois ministres. Le Centre conserve ses deux sièges, plaçant un nouveau ministre en la personne de Jean-Paul Lachat.

Ministres de la RCJU

• 1979-1994 : Jean-Pierre Beuret, PCSI
• 1979-1994 : Pierre Boillat, PDC
• 1979-1986 : Roger Jardin, PRR
• 1979-1994 : François Lachat, PDC
• 1979-1993 : François Mertenat, PS
• 1987-1993 : Gaston Brahier, PLR
• 1993-2002 : Pierre Kohler, PDC
• 1993-1994 : Odile Montavon, CS (non réélue)
• 1995-2002 : Anita Rion, PLR (non réélue)
• 1995-2006 : Gérald Schaller, PDC
• 1995-2006 : Claude Hêche, PS
• 1995-2006 : Jean-François Roth, PDC
• 2003-2015 : Elisabeth Baume-Schneider, PS
• 2003-2010 : Laurent Schaffter, PCSI (non réélu)
• 2007-2015 : Philippe Receveur, PDC
• 2007-2020 : Charles Juillard, PDC
• 2007-2015 : Michel Probst, PLR
• 2011-2015 : Michel Thentz, PS (non réélu)
• 2016-2025 : Nathalie Barthoulot, PS
• 2016-2025 : David Eray, PCSI
• 2016-2024 : Jacques Gerber, PLR
• 2016-2025 : Martial Courtet, PDC/C (non réélu)
• 2020- : Rosalie Beuret Siess, PS
• 2025- : Stéphane Theurillat, C
• 2026- : Raphaël Ciocchi, PS
• 2026- : Valentin Zuber, PS
• 2026- : Jean-Paul Lachat, LC