Ce centre de documentation et de recherche localisé à Porrentruy s’inscrit dans une histoire longue des relations entre le canton du Jura en gestation et la Province de Québec. Dans de nombreux domaines, culturels en particulier, des échanges ont lieu, notamment par l'intermédiaire de la chanson, puis du théâtre. En 1983 à Delémont est signé, entre la République et Canton du Jura représentée par Roland Béguelin et François Lachat et la Province de Québec représentée par le premier ministre René Lévesque, un accord de collaboration.

Au tournant des années 2000, à l’initiative de Claude Hauser, professeur d’histoire contemporaine à l’Université de Fribourg, des connexions académiques se développent, notamment autour d’un colloque sur Auguste Viatte, professeur de littérature originaire de Porrentruy qui a fait une partie de sa carrière à Laval. Du côté québécois, le professeur Yvan Lamonde de l’Université McGill à Montréal a joué un rôle déterminant. Ces recherches et des réseaux académiques font naître l’ambition de créer un centre répondant aux aspirations affichées par les partenaires officiels dès les années 1980 et à la volonté de renforcer le domaine des sciences humaines et sociales dans le Jura.

En collaboration avec Matthieu Gillabert, également professeur d’histoire contemporaine à l’Université de Fribourg et spécialiste des circulations académiques dans l’espace francophone, Claude Hauser lance l’idée de créer un centre capable d’une part de concentrer la documentation – ouvrages, disques, archives (en particulier le fonds Viatte) – et d’autre part d’animer, sur le plan scientifique, des débats sur des thématiques liées à la francophonie. Le centre est inauguré en octobre 2010 à Porrentruy, fruit d’une collaboration entre l’Office de la Culture et le Service de la coopération de la République et Canton du Jura, l’Université de Fribourg et son Département d’histoire contemporaine, ainsi que l’Association internationale des études québécoises.

Par la suite, dirigé par Claude Hauser et Matthieu Gillabert, il s’est enrichi de nombreuses publications grâce à des donations d’ouvrages et de disques, en provenance de scientifiques québécois, qui sont à disposition du public à la Bibliothèque cantonale du Jura. Il a également abrité plusieurs colloques sur des questions de migrations, échanges estudiantins, mouvements identitaires et reçu régulièrement des conférencier·es sur la société et la culture québécoise et plus largement sur la francophonie.

A partir de 2021, le CEQF a initié également, en collaboration avec Unidistance et grâce au soutien de l’entreprise Richard Mille, une formation continue à distance en études francophones et le Prix Richard Mille/CEQF « La Francophonie en débat » attribué à des œuvres inédites de jeunes chercheur·euses ou artistes qui contribuent à interroger la francophonie.