Après la constitution d’une Fédération socialiste autonomiste du Jura-Sud le 5 mars 1976, le Parti socialiste autonome du Sud du Jura (PSASJ ou PSA-SJ) est créé le 25 juin 1976 à Moutier « dans le but de promouvoir une société autogérée ». Bien que le nom du parti soit souvent et improprement abrégé en Parti socialiste autonome (PSA), nous utiliserons cet acronyme par commodité. L’organe du parti, publié sous forme de bulletin périodique entre 1979 et 1991, s’appelait Le Militant. Jones Charpié en a été le premier responsable jusqu’en 1983.
Le PSA naît dans le contexte à la fois des luttes sociales de la fin des années 1970 – se plaçant dans la mouvance des mouvements d’extrême-gauche – et au sein de l’épineuse Question jurassienne, dans laquelle elle se situe dans le camp autonomiste (séparatiste), en vertu du droit des peuples à l’autodétermination. Le parti est ainsi issu d’une scission du PSJB, au sein duquel les éléments séparatistes étaient minorisés. Des membres des « partis frères » ont assisté au premier congrès ordinaire du PSA en 1977 : Parti socialiste autonome du Tessin, Organisations progressistes de Suisse (POCH) bernois, POP du Jura-Nord, LMR de Bienne, PS du Jura-Nord.
A ses débuts, le programme du PSA allie la « défense de l’autonomie du Jura-Sud » avec un socialisme autogestionnaire pur et dur. La conciliation de ces deux pôles ne va pas sans mal et amène des tensions au sein du parti au début des années 1980. Lors des élections, tant au niveau fédéral que cantonal, le PSA s’allie traditionnellement avec l’Entente jurassienne, c’est-à-dire les partis (Parti démocrate-chrétien, Parti libéral jurassien) et mouvements (Unité jurassienne, Association féminine pour la défense du Jura, Association des Jurassiens de l’extérieur) autonomistes du Jura bernois, ainsi que, dans les années 1980, avec des partis très à gauche de l’ancien canton tels que le POCH.
Au milieu des années 1980, suite notamment à la perte du siège de conseiller national de Jean-Claude Crevoisier, des bisbilles se font jour entre l’Entente jurassienne et le PSA, déçu du manque de soutien.
Au milieu des années 1990, c’est une réintégration au sein du PS suisse qui est à l’ordre du jour. Celle-ci ne peut se faire que par intégration du PSA au PS bernois, voir même par une fusion avec le PSJB, ou via l’intégration au PSJU, dont le PSA deviendrait une section ou fédération. C’est cette voie qui est privilégiée dès 1996 et qui aboutit en 1997, faisant du PSA la quatrième fédération du PSJU.
En 2007, Jean-Pierre Aellen, président ad interim, émet la proposition d’une fusion PSA-PSJB-USJB (Union syndicale du Jura bernois). Celle-ci n’a pas lieu, dans le contexte de l’avenir institutionnel du Jura bernois sur lequel planchait l’Assemblée interjurassienne.
En 2010, après avoir un temps envisagé un groupe socialiste francophone au Grand Conseil bernois (PSA, PSJB et PSR), le PSA intègre le groupe socialiste avec le PSJB.

Présidents
1976-1979 Jones Charpié
1979-1983 Jean-Pierre Aellen
1983-1984 Jean-Pierre Aellen, a. i.
1984-1987 Patrice a Marca
1987-1992-? Roger Siegrist
?-1996-? Robert Straehl
…
?-? Marie Siegenthaler
…
2007, Jean-Pierre Aellen, a.i.
2008-2010 Jean-Pierre Aellen
2010-2012 Maxime Zuber
2012-2015 David Sauvain
2015- Valentin Zuber

Conseiller national
1979-1983 Jean-Claude Crevoisier (transfuge du PSJ)