L'Association pour le Parc naturel régional du Doubs (APNRD) est créée le 24 août 1999 au Theusseret.
Son but est la création d'un parc naturel régional dans la région du Doubs dans la perspective de soutenir et développer les activités économiques et récréatives en harmonie avec l'environnement et de sauvegarder et valoriser les richesses culturelles, bâties, naturelles et paysagères. Ses domaines d'activités sont : le paysage, les milieux et les espèces ; l'agriculture ; la sylviculture ; le tourisme ; la sensibilisation à l'environnement ; le patrimoine bâti et les énergies renouvelables ; le patrimoine culturel ; les transports et les services.
Diverses actions ont déjà été menées à bien, par exemple :
- participation à l'organisation de brunchs santé
- initiation d'un réseau selon l'Ordonnance sur la qualité écologique (OQE)
- réalisation d'un parcours d'observation des chauves-souris à Saint-Ursanne
- réalisation d'une expertise sur les écrevisses à pattes blanches dans une portion du Doubs
- collaboration au maintien du Noctambus
- collaboration au maintien de la ligne de bus Biaufond-La Chaux-de-Fonds
- collaboration aux transports gratuits des vélos sur les lignes ferroviaires TRN La Chaux-de-Fonds - Les Ponts-de-Martel et Le Locle - Les Brenets.

Après un passage à vide, le projet connaît un nouveau départ dès 2002. L'APNRD se restructure, se donne de nouveaux statuts (2005), constitue un nouveau comité et crée un bureau exécutif. Son siège est à La Chaux-de-Fonds.
En mars 2007, le soutien financier obtenu auprès du Secrétariat d'Etat à l'économie (Fr. 500 000.- jusqu'à fin 2008), associé à celui des cantons, des communes et des membres, permet en outre à l'association d'engager une structure professionnelle (un secrétaire général à 80 %, une secrétaire à 40 % et une responsable des commissions thématiques à 30 %) ainsi que de mettre en place des commissions thématiques (Agriculture & Sylviculture, Nature & Paysage, Sensibilisation à l'environnement , Tourisme & Animation, Transports & Services).

Les membres de l'APNRD sont de trois ordres : les communes (19 communes concernées sur les cantons du Jura, de Neuchâtel et de Berne, dont 18 sont déjà membres), les membres collectifs (32 membres, issus de divers milieux tels que le tourisme, la sylviculture, l'agriculture, la protection de la nature, etc...), les particuliers (54 membres).

En octobre 2006, l'Assemblée fédérale adopte la révision de la Loi sur la protection de la nature et des paysages (LPN) instituant une base légale pour promouvoir les parcs d'importance nationale. Il s'agit dès lors pour l'APNRD de répondre aux exigences de la Confédération afin d'obtenir le label « Parc d'importance national ». En 2007, elle effectue dans ce but une étude de faisabilité. En 2008, s'ouvre la phase de projet avec l'élaboration d'un plan de management pour la création du parc. Après un premier refus, la Confédération accepte le projet de l'APNRD en août 2009 et le reconnaît comme candidat officiel pour l'obtention du label. Cette reconnaissance s'accompagne d'une subvention de 600'000.- pour trois ans. De 2009 à 2011, le premières mesures concrètes sont réalisées et la charte est réalisée avec la participation de tous les acteurs. Dès 2012, si la Confédération a reconnu le parc et lui a attribué le label, commence alors la phase de gestion qui est prévue pour dix ans. Pendant cette phase, les mesures nécessaires sont réalisées pour atteindre les objectifs définis dans la charte.

Le financement actuel du projet de Parc naturel régional du Doubs s'appuie sur cinq ressources principales : l'aide Regio Plus, qui représente la moitié du budget ; les cotisations des membres de l'association ; les prestations de service des partenaires locaux ; les cantons, à raison de 22% des coûts totaux ; les partenaires privés. Sur le plus long terme, la Confédération prévoit environ une somme de Fr. 400 000.- à Fr. 500 000.- par an pour chacun des parcs naturels régionaux de Suisse. Cette aide financière se fonde sur le principe de la subsidiarité. En d'autres termes, elle ne sera accordée qu'en complément d'efforts d'autofinancement menés par la région et les cantons. 20% environ du budget total du parc devrait être financé au sein même de la région (contributions des communes et de tiers notamment) alors que les cantons devraient apporter 30% environ du budget total. Présidents : 2003-2009  Gilbert Hirschy dès 2010  Jean-Pierre Beuret