Originaire de Courtételle. Né le 20 novembre 1947 à Delémont. Fils de Joseph Schaffter, instituteur et directeur des écoles primaires, député au Grand Conseil bernois (1958-1974), membre fondateur du Parti chrétien-social indépendant, et de Jeanne née Stöckli, mécanicienne-dentiste. Neveu de Roger Schaffter, conseiller aux Etats jurassien (1979-1987). Epouse Françoise Dupuis, coiffeuse. Trois enfants dont Thomas Schaffter, conseiller communal à Porrentruy. Catholique. Après un apprentissage de mécanicien de précision chez Tornos à Moutier, S. obtient un diplôme d'ingénieur ETS au Technicum de Bienne. Il travaille ensuite comme adjoint à la direction chez Tornos, puis comme directeur technique d'une entreprise de sous-vêtements à Porrentruy. En 1983, il fonde avec un collègue sa propre entreprise, la fabrique de sous-vêtements Ajotex SA, à Porrentruy. Membre du Parti chrétien-social indépendant, conseiller de ville puis premier élu PCSI au conseil municipal à Porrentruy (2000-2002), député suppléant (1993-2002) puis titulaire (04.2002-12.2002) au Parlement jurassien. Il est membre du Gouvernement jurassien (2002-2010, président en 2007) et dirige le Département de l'Environnement et de l'Equipement. Dans ce cadre, S. s'occupe notamment du déblocage des crédits pour la construction de l'A 16, du développement des transports publics et de la réouverture de la ligne ferroviaire Bienne-Belfort. Non-réélu au gouvernement en 2010, il devient le gérant de la Librairie-Papeterie Le Pays SA à Porrentruy dès 2011. Membre du Rassemblement jurassien (RJ). Membre du Conseil d'administration de BKW FMB Energie SA et président du conseil d'administration d'Energie du Jura (EDJ-SA).