Baptisée aujourd'hui Ecole des métiers de la santé et du social (EMS2), l'Ecole de soins infirmiers (ESIJ) est mise sur pied en 1988, et s'installe dans les locaux de l'Ecole cantonale de culture générale à Delémont. L'école a un statut cantonal et dépend du Département de la Santé et des Affaires sociales, représenté par le Service de santé. Au départ, l'ESIJ est chargée de former des infirmiers-ères assistant(e)s (1ère volée en janvier 1989). Cette formation est abandonnée par la Conférence des directeurs cantonaux des affaires sanitaires (CDS) au profit de celle d'aide-soignante (1ère volée en septembre 1994), dont la surveillance est confiée à la Croix-Rouge suisse (CRS). L'ESIG met ensuite en place une formation complémentaire en soins généraux destinée aux infirmiers-ères assistant(e)s souhaitant devenir infirmiers-ères diplômé(e)s (1ère volée en février 1991). Dans la foulée, la nouvelle filière pour infirmiers-ères de niveau II (1ère volée en octobre 1992) a été élaborée et les premiers diplômes de Suisse romande ont été délivrés par l'école en 1996. Tous ces programmes ont été reconnus par la Croix-Rouge. Parallèlement, et toujours en s'adaptant à la demande, l'ESIJ offre deux formations modulaires: l'une est axée sur les soins à la personne âgée (dès 1998), l'autre est un programme d'aide au retour destiné à des demandeurs d'asile (PROFORA BEJUNE dès 1999).