Saint-Charles est un lycée-collège catholique privé soutenu par l'Evêque de Bâle et reconnu d'utilité publique par le Canton du Jura. Il est membre des écoles catholiques suisses (E.C.S.).

Décidé à fonder une école catholique à Porrentruy dès le début des années 1890, c'est finalement le 6 mai 1897 qu'Ernest Daucourt inaugure un « Pensionnat de jeunes garçons » (outre la pension et le logement, il dispense, en cours du soir, une instruction civile et religieuse). Baptisé en 1899 « Institut catholique », il déménage en 1901 dans l'ancien dépôt de sel des Princes-Evêques au bord de l'Allaine. En parallèle, Daucourt met aussi sur pieds des cours pour les jeunes apprentis et ouvriers qui, dès 1901, forment l'Ecole professionnelle de dessin et dont les cours ont lieu dans les mêmes bâtiments que ceux de l'« Institut catholique » jusqu'en 1904. En 1910, dans le cadre de l'« Institut catholique » est ouverte l'Ecole nouvelle, c'est-à-dire deux classes postscolaires. En 1913, Daucourt et se collègues reçoivent l'autorisation d'ouvrir une école primaire et, en 1914, une école secondaire. Malgré les réticences des partisans de l'école publique, l'Institut de développe et en 1915 il devient l'« Institut Saint-Charles » sur l'initiative de l'abbé Charles Humair qui en devient son directeur.
L'enseignement est confié aux chanoines de l'abbaye de Saint-Maurice (VS) avec un intermède aux prémontrés de l'abbaye belge de Tongerloo (1921-1925). Le 30 septembre 1925, l'« Institut Saint-Charles » devient le « Collège Saint-Charles ». De 1939 à 1977, un accord avec Saint-Maurice permet aux élèves d'y passer leur dernière année pour l'obtention de leur baccalauréat puisque St-Charles ne pouvait remettre que des maturités cantonales. Ce n'est en effet qu'en 1978 que la première volée de maturité fédérale est diplômée, alors que c'est lors de la rentrée 1975 que les filles sont acceptées.

Plusieurs bâtiments vont être construits au cours des ans : la chapelle actuelle, dédiée à sainte Thérèse de l'Enfant Jésus (1930-1931), une nouvelle annexe pour héberger les huit classes littéraires (1932), le "nouveau bâtiment" des classes (1962), le centre sportif (halle et piscine) Léon Burrus (1972), une bibliothèque et un internat des filles (1987).

Recteurs / rectrice :
1897-1898 Abbé Constant Vallat
1898-1901 Abbé Joseph Bidaux
1901-1903 Abbé Olivier Davarend
1906-1907 Abbé Barrier
1907-1915 Chanoine Paul Bernier (Institut catholique)
1909-1915 Jules Koller (Ecole nouvelle)
1915-1925 Abbé Charles Humair
1925-1940 Chanoine Antoine Grob
1940-1967 Chanoine Edgar Voirol
1967-1976 Chanoine Joseph Vogel
1976-1982 Nicolas Fleury
1982-1990 Abbé Philippe Chèvre
12.1990-06.1991 René Dosch, recteur ad intérim
1991-2010 Josiane Pourchet
2010-02.2015 Jean-Paul Nussbaumer
02-05.2015 Jean-Pierre Donzé, recteur ad intérim
05.2015- Carmen Kocher