D'origine lucernoise, Antoine Baumeler étudie la médecine à l'Université de Lausanne, où il se forme notamment à la chirurgie opératoire chez le prof. César Roux. Après quelques années de pratique dans le canton de Lucerne, il s'établit au Noirmont (1931) et devient chirurgien de l'Hôpital de Saignelégier (1932), dont il fait un établissement médicalisé moderne.