L’Hôpital du Jura bernois (HJB SA) est né en 2000, de la fusion des hôpitaux de district de Saint-Imier et Moutier.
Jusque dans les années 1970, le système hospitalier dans le canton de Berne était organisé au niveau du district. Ainsi, à la fin des années 1970, on compte une trentaine d’hôpitaux dans le canton. Les années 1990 sont marquées par une mise en réseau des établissements hospitaliers qui aboutira à la fondation de l’HJB SA.
Cette mise en réseau se fait bien sûr dans une perspective d’économies et de rationalisation. Le premier événement concret de cette évolution est la fermeture de la maternité de Moutier en 2003 qui se fait pour des raisons financières et en raison d’une diminution des naissances (229 en 1980, 194 en 1990, 121 en 1998).

En mars 2006, dans le cadre de la loi cantonale sur les soins hospitaliers, le canton désigne six centres hospitaliers régionaux (CHR) dont le rôle est d’assurer les soins de base :
- les hôpitaux de Frutigen, Meiringen, et Interlaken (FMI) ;
- l’Hôpital de Thoune-Simmental ;
- le Centre hospitalier régional de l’agglomération bernoise ;
- le Centre hospitalier de Bienne ;
- l’Hôpital régional de l’Emmental (Berthoud et Langnau) ;
- l’Hôpital régional de Haute-Argovie.
L’HJB obtient quant à lui un statut particulier : sans pour autant avoir obtenu le statut de CHR, il est cependant reconnu dans l’ordonnance cantonale sur les soins hospitaliers avec le rôle de dispenser les soins de base dans le Jura bernois. Depuis fin 2006, le Conseil exécutif, met à disposition pour consultation le projet de « planification hospitalière 2007-2010 ». Ce document suscite l’inquiétude dans le Jura bernois puisque le canton y propose de faire du site de Saint-Imier une antenne du Centre de Bienne et de Moutier un hôpital de jour. L’HJB SA et le Conseil du Jura bernois (CJB) prennent tous deux position contre ces deux propositions en février 2007. La planification hospitalière adoptée en novembre 2007 ne contient finalement rien de définitif en ce qui concerne l’HJB SA.
Entretemps, et depuis le 1er janvier 2007, la direction des hôpitaux régionaux et de district a été transférée des syndicats hospitaliers au canton.

Parallèlement aux discussions sur l’avenir de l’HJB SA au sein du canton de Berne, ont lieu des discussions sur une éventuelle collaboration hospitalière avec le canton du Jura. La résolution 57 de l’Assemblée interjurassienne (AIJ), intitulée « planification hospitalière concertée » a pour conséquence la mise en place d’un groupe de travail. Son rapport est rejeté en juin 2005 par l’HJB. Les réflexions ne s’arrêtent cependant pas là puisqu’en mars 2007, les cantons de Berne et du Jura signent une convention pour une planification hospitalière intercantonale.
Le 8 janvier 2008, l’HJB SA reçoit le 1er label Fourchette verte du Jura bernois, soit une année après les premières discussions relatives au lancement de Fourchette verte dans Le Jura bernois. En novembre 2008, il reçoit le label « hôpital promoteur de santé » par le réseau suisse des hôpitaux promoteurs de santé, une organisation reconnue par l’OMS.

Directeurs
2000-2012 Jean-Claude Chatelain
dès 1.10.2012  Dominique Sartori

Président du Conseil d’administration
2000-2012 John Buchs, Saint-Imier
dès 2012 Pierre-Alain Schnegg, Champoz

Membres du Conseil d’administration
- Francis Koller, Moutier, vice-président
- Stéphane Boillat, maire, St-Imier
- Maxime Zuber, maire, Moutier (remplacé dès le 1.10.2003 par Christian Vaquin, Moutier)
- Dr Geoffroy Horton, Moutier
- Jean-Michel Blanchard, maire, Malleray
- Jacques Misteli, maire, Court (jusqu’en 2007)
- Bernard Jacot, maire, Tramelan (remplacé dès le 19.6.2003 par Milly Bregnard, maire Tramelan)
- Michel Walther, Cortébert - Michel Walliser, maire, Courtelary (jusqu’en 2007)
- Flavio Torti, maire, Reconvilier