Mouvement fondé dans le cadre de la Question jurassienne suite à l'affaire Moeckli, le 30 novembre 1947 à l'hôtel de la gare à Moutier, il est le futur Rassemblement jurassien (RJ, rebaptisé ainsi le 9 septembre 1951). Son président est Daniel Charpilloz et son secrétaire général Roger Schaffter. Son siège est à Delémont. En février 1948, il lance son organe de propagande le Jura libre. En août 1950, suite au départ de Roger Schaffter (nommé directeur de l'Ecole suisse de Gênes), le Comité central est remanié : Pierre Billieux, avocat à Porrentruy, devient secrétaire général ; Adolf Walther, ancien préfet de Laufon, devient vice-président central ; Roland Béguelin devient rédacteur en chef du Jura libre. Après les travaux du Comité de Moutier et la réponse du gouvernement bernois (Le Livre blanc de 1949), le MSJ va très nettement prendre ses distances pour réclamer ce que le Comité de Moutier n'a pu obtenir. En septembre 1951, pour bien montrer qu'il se situe au-dessus des querelles politiques et religieuses, le MSJ se rebaptise Rassemblement jurassien.

Statuts adoptés le 21 août 1949 : Préambule : « Le Mouvement séparatiste jurassien est une organisation patriotique qui cherche à donner au Jura le statut le plus conforme à ses intérêts généraux. Il demeure au-dessus des partis, en ce sens que ses propres buts peuvent devenir les buts idéaux de tous les partis politiques jurassiens. Le mouvement se place au-dessus des divergences confessionnelles, les différentes confessions pouvant trouver, dans le statut recherché, l'équilibre le plus conforme à leurs intérêts respectifs. Il se place de même au-dessus des différences de langues, du fait qu'il existe, dans le Jura, des régions ayant leur langue nationale propre, soumise au principe de la territorialité. » Article 1 : « Le mouvement a pour but la création d'un canton du Jura au sein de la Confédération suisse. En outre, il défend, sur le plan cantonal et fédéral, les intérêts du peuple jurassien. »