Situé à Porrentruy, le Jurassica Museum « retrace l’histoire du patrimoine naturel jurassien. » (selon son portrait sur le site museums.ch). L'histoire du Jurassica Museum est liée à celle du Musée jurassien des sciences naturelles (MJSN) et au projet paléojura.
La construction de l'autoroute A16 (Transjurane) rend possibles plusieurs découvertes paléontologiques jurassiennes qui suscitent un intérêt international. Un projet intitulé « paléojura » voit le jour en 2008, dont l’objectif est de valoriser ces diverses découvertes. Le MJSN commence ainsi à se développer et vient à constituer « un des pôles majeurs du projet » (selon un communiqué de presse du Canton du Jura du 27 janvier 2012).
Cette même année, suite à une proposition du Gouvernement jurassien, la Fondation Jules Thurmann (FJT) est créée. Elle prend le relais de l'Office de la Culture (OCC) jusqu'alors chargé de paléojura. En reprenant paléojura, la fondation a la charge du Jardin botanique et du MJSN. Le projet, désormais institutionnalisé, est renommé JURASSICA. Les domaines d'actions de la FJT se déclinent en trois axes : « gestion et conservation du patrimoine ; recherche et formation [et] diffusion du savoir. » (selon la description de Jurassica sur le site www.jura.ch). Lors de son vingt-cinquième anniversaire, le MJSN devient Jurassica Museum (2014).
Le musée abrite les collections historiques de l’ancien MJSN (collections paléontologiques, minéralogiques, zoologiques, botaniques, mycologiques) et les collections paléontologiques provenant des fouilles de l’A16.
Il offre trois expositions permanentes : Jura, dans les profondeurs des mers jurassiques, A la découverte de la faune régionale, Fossiles remarquables.

Président·e·s à partir de 2012 (lorsque la FJT prend le relai de JURASSICA): Arlette Elsa Emch de 2013 à 2015, Damien Becker depuis 2016.