1919 gründete Louis Affolter (1880-1947) in Renan eine Zahnradfabrik. 1925 verlegte er sie nach Malleray unter der Firmenbezeichnung «Louis Affolter, fabrique de pignons et pivotages en tout genre» (Louis Affolter, Fabrik für Zahnräder und Drehzapfen aller Art).
1947 übernahmen André Affolter (1916-1972), René Affolter (1918-1971) und Marc Affolter (geb. 1928) in zweiter Generation die Führung des Unternehmens, das von nun an «Les Fils de Louis Affolter» hiess. 1957 wurde ein neues Gebäude für die Produktion erstellt. Im Jahr 1978 wurde die Firma in «Pignons Affolter SA» umbenannt; seit 2004 heisst sie «Affolter Pignons SA».
Die drei Söhne von Marc Affolter, Marc-Alain, Jean-Claude und Michel Affolter, übernahmen die Leitung des Familienunternehmens ab 1985. Die dritte Generation eröffnete als neues Geschäftsfeld die Maschinenfabrikation sowie eine Entwicklungsabteilung für Elektronik und Mechanik. 1991 entstand aus dieser Abteilung die «Affolter Electronique SA», seit 2005 «Affolter Technologies SA», als rechtlich eigenständiges Unternehmen.
Die Affolter-Gruppe («Affolter Holding SA») besitzt auch die Verwaltungsgesellschaft «AF Management SA». Ende 2008 beschäftigte sie 175 Personen.