Depuis le 12 octobre 2001, la Communauté de travail du Jura est devenue la Conférence TransJurassienne (CTJ) ; une nouvelle convention est signée le 1er juillet 2002. De nouveaux partenaires se sont joints à cette dernière, représentants cette fois officiellement l’Etat français (par l’intermédiaire des préfets). La CTJ regroupe désormais, outre le Conseil régional de Franche-Comté, la Région de Franche-Comté et ses Départements du Doubs, du Jura, de la Haute-Saône et du Territoire de Belfort ainsi que les Conseils généraux des départements respectifs. Les Associations des maires et des communes, côté français, sont également membres de la CTJ. Côté suisse demeurent membres les quatre cantons de Berne, de Vaud, de Neuchâtel et du Jura. La Confédération est associée à cet organisme, mais uniquement avec un statut d’observateur ; elle n’en fait cependant pas partie intégrante, étant donné que la coopération transfrontalière relève de la compétence des cantons. Vouée à la concertation transfrontalière, la vocation de la CTJ est de promouvoir un développement homogène dans l’Arc jurassien franco-suisse.
En plus de ses activités propres, le secrétariat suisse de la CTJ est mandaté par la Confédération pour gérer les fonds fédéraux Interreg III et IV relatifs à l’Arc jurassien. Le programme Interreg est une initiative communautaire visant le développement des régions frontalières intérieures et extérieures à l’Union européenne et favorisant la coopération transfrontalière. C’est un instrument financier destiné à tout porteur de projet transfrontalier, privé ou public.
En 2005, la CTJ s'est dotée d'un Observatoire Statistique Transfrontalier de l'Arc Jurassien (OSTAJ) dans le but de construire un outil d'observation et d'information statistique harmonisé entre les régions suisses et françaises. Collaborent notamment à ce projet les quatre cantons membres de la CTJ, l’Université de Neuchâtel et l’INSEE (côté français).
Le Conseil de la Conférence TransJurassienne a décidé en 2006, sur proposition du bureau, de recentrer l'activité de la CTJ autour de quatre thématiques :
- le développement économique et l'emploi;
- la formation professionnelle, avec une attention toute particulière pour le secteur sanitaire et social;
- les transports et l'accessibilité des territoires;
- la sécurité.

Les organes de la CTJ sont :
- le Bureau : responsable de la mise en oeuvre des décisions de la commission, du suivi des propositions du Conseil et de la gestion courante, il assume également des tâches de représentation. Il est composé d'un conseiller d'Etat représentant les cantons suisses (et président de la CTJ-Suisse composée des quatre cantons suisses), du représentant de l'Etat dans la région de Franche-Comté (préfet), et du président du Conseil régional de Franche Comté ; tous trois portent le titre de coprésident de la CTJ ;
- la Commission (26 membres, 13 pour chaque pays), organe de décision, définit l'action de la CTJ, coordonne les activités et se prononce sur les propositions qui lui sont soumises par le Conseil. Elle regroupe tous les partenaires institutionnels de la convention : cantons de Berne, Vaud, Neuchâtel et Jura ; Région, Départements et Associations de maires de Franche-Comté ;
- le Conseil (90 membres, 45 par pays) est l’organe consultatif et le lieu de concertation où les programmes sont élaborés ; il est consulté sur initiatives par la Commission. Constitué des 90 représentants des principales collectivités publiques et des principaux acteurs de la vie économique et sociale de l'Arc jurassien ;
- le Secrétariat général, enfin, s’occupe de toutes les tâches administratives.
Le Secrétariat général de la CTJ Suisse (aujourd'hui arcjurassien.ch) se situe à La Chaux-de-Fonds.

Ouvrages édités par la CTJ :
- Bruno Fallet et Martin Schuler, Atlas jurassien : appui à la coopération transfrontalière, Saint-Martin-d'Hères : Cemagref ; Lausanne : Ecole polytechnique fédérale de Lausanne, 1996, 166 p.
- Jean-Claude Daumas et Laurent Tissot (dir.), L'Arc jurassien : histoire d'un espace transfrontalier, Vesoul : Ed. Maé-Erti ; Yens-sur-Morges : Cabédita, 2004, 293 p.

Présidents de la délégation suisse à la CTJ (et coprésidents de la CTJ) :
Mario Annoni, conseiller d’Etat bernois, 2002-2006
Jean-François Roth, ministre jurassien, 2006
Michel Probst, ministre jurassien, 2007
Pascal Broulis, président du Gouvernement vaudois, dès 2008

Secrétaire général de la CTJ Suisse :
Mireille Gasser

Représentation bernoise au sein de la Conférence TransJurassienne (depuis 2002)
En juin 2002, le Conseil-exécutif bernois a approuvé la convention portant création de la Conférence TransJurassienne (CTJ) ainsi que les statuts de la Conférence TransJurassienne - Suisse (CTJ-Suisse). Dans le même temps, il a nommé les représentants du canton au Conseil et à la Commission de la CTJ. En 2006, c’est toujours le Conseil-exécutif bernois qui nomme les représentants du canton de Berne auprès des organes de la CTJ, mais ceux-ci ont préalablement été désignés par le Conseil du Jura bernois (CJB) après consultation du Conseil des affaires francophones du district bilingue de Bienne (CAF).

Commission de la CTJ
Mario Annoni, conseiller d'Etat, 2002-2006
Barbara Egger-Jenzer, conseillère d'Etat, 2002-2006
Hubert Frainier (Belprahon), député puis membre du CJB, 2002-
Christophe Gagnebin (Tramelan), député et membre du CJB, 2002-

Conseil de la CTJ
Jean-Pierre Aellen (Tavannes), 2006-
Raymonde Bourquin (La Neuveville), 2002-
Daniel Chaignat (Tramelan), 2006-
Francis Daetwyler (St-Imier), 2002-
Jürg Gerber (Bienne), 2002-2006
Jean-Pierre Graber (La Neuveville), 2002-
Patrick Gsteiger (Perrefitte), 2006-
Pierrette Berger Hirschi (Bienne), 2006-
Jean-René Moeschler (Malleray), 2009-
Pierre-Yves Moeschler (Bienne), 2006-2008
Willy Pauli (Nidau), 2002-2006
André Rothenbühler (Pontenet), 2002-
Roger Siegrist (Corgémont), 2002-2006
Hans Stöckli (Bienne), 2002-
Christian Vaquin (Moutier), 2002-2006
Claude-Alain Voiblet (Reconvilier), 2002-2006

Représentation jurassienne au sein de la Conférence TransJurassienne (2003-2006)
Commission de la CTJ
Elisabeth Baume-Schneider, ministre, 2009-
Michel Probst, ministre, 2007-2008
Jean-François Roth, ministre, président de la CTJ-Suisse, 2006
Agnès Veya, députée et présidente de la Commission de la coopération, 2009-

Conseil de la CTJ
Marcel Bailly, Ville de Porrentruy, 2009-
Henri Erard, Association régionale Jura, '-2008-
Didier Cuenin, Municipalité de Porrentruy, '-2008
Pierre-Alain Gentil, Municipalité de Delémont, '-2008
Vincent Gigandet, Union jurassienne des arts et métiers, député, '-2008-
René Girardin, Municipalité de Saignelégier, '-2008-
Pierre Kohler, Ville de Delémont, 2009-
Pierre Lovis, Commission parlementaire de la coopération
Hugues Plomb, Boncourt, '-2008
Damien Rérat, Association pour le développement du district de Porrentruy, '-2008
Jean-François Rossel, Union syndicale jurassienne, secrétaire syndical Unia, '-2008-
Marco Vermeille, Commission parlementaire de la coopération, ...-2008-