JURA

- Musée du Château d'Asuel Situé dans un petit bâtiment à colombage du 18e siècle, au pied des ruines du château d'Asuel.
Ce musée présente l’évolution et la construction de châteaux du Jura, plus particulièrement celui d’Asuel, notamment grâce à une maquette.
- Musée du Mont-Repais, Asuel
- Musée jurassien d’art et d’histoire, Delémont
- Musée Chappuis-Fähndrich, Develier
- Musée du Löwenbourg, Pleigne
- Musée rural jurassien, Les Genevez
Ouvert depuis 1982, le Musée rural jurassien se trouve dans une ferme double du 16e siècle. Il présente l’habitat de deux familles paysannes des siècles passés.
- Musée agricole des Vieilles Traditions, Grandfontaine
- Centre nature Les Cerlatez - Musée de l’Automobile, Muriaux
- Musée de l'Hôtel-Dieu, Porrentruy
- Musée jurassien des sciences naturelles, Porrentruy
- Musée de la boîte des montres, Le Norimont
- Musée électrotechnique, Le Noirmont
- Musée lapidaire, St-Ursanne
- L'Arche de Noé, Vicques
L’Arche de Noé, à Vicques, présente la plus grande collection privée d’animaux naturalisés de Suisse.
- Musée des métiers d'antan, Fahy
Calèches et jouets anciens. Métiers d'antan : charron, cordier, cordonnier, distillateur, forgeron, sabotier, tonnelier, vannier.
- Musée de la poterie, Bonfol

JURA BERNOIS

- Musée agricole de Promotion Bellelay SA, Bellelay
- Musée d'armes et objets anciens, Sonvillier
Collections d'armes anciennes (munitions, armes lourdes et légères, pistolets, couteaux, baïonnettes, sabres), de casquettes de cheminots, militaires et de police (aussi de l’étranger), d’insignes et de parements, articles de chasse, lampes de chemin de fer, etc. Ouvert au public en 1993 à Sonvilier, fondé par Arnold Summermatter.
- Martinet de Corcelles
- Musée de la vigne du lac de Bienne, Gléresse
- Musée d’histoire de La Neuveville
- Musée jurassien des Arts, Moutier
- Musée du tour automatique et d’histoire, Moutier
- Maison des Sarrasins, Orvin
Maison datant de 1602, témoin de la vie d'autrefois.
- Musée Longines, St-Imier
Ouvert en 1992 dans les locaux de l’entreprise à Saint-Imier.
- Musée de Saint-Imier
- Musée des minéraux, St-Imier


BIENNE

- Musée Schwab
- Musée Neuhaus
- CentrePasquart
- Centre Müller
- Musée de l'optique
- Musée Omega


LAUFON

- Musée de Laufon
- Musée régional de Liesberg (Ortsmuseum Liesberg), Liesberg
Le musée présente principalement des objets d’art sacré de l’époque baroque et du 19e siècle de Liesberg, ainsi que des armoiries, tableaux, documents relatifs à l’histoire de l’Evêché, uniformes de soldats suisses, monnaies, etc.