Année de construction : 1445

Consécration en : 1459

Dédiée à : La Vierge et à Sainte-Anne

Historique : C'est un des rares monuments du Moyen Age qui subsiste dans le Jura.
La légende dit qu'un paysan de Fontenais labourant ses champs voit son attelage stoppé net. Impossible de faire avancer les boeufs. Même dételés, ils restent à la même place. Les voix des voisins accourus sur place n'ébranlent pas les boeufs toujours immobiles. L'idée vient à l'un des spectateurs qu'une force mystérieuse les enchaîne et qu'il faut creuser le sol pour la trouver. Ainsi fut fait : sous la terre, on découvre un reliquaire d'argent où s'enchâsse, muni de son sceau authentique, un morceau de la vraie Croix. C'est à cet endroit que fut élevée la chapelle.
Construite dès 1445, l'évêque de Sidon, suffragant de Besançon la consacra en 1459. Après sa presque complète destruction durant la Guerre des Trente Ans, le sanctuaire fut restauré en 1652 par le prince-évêque de Bâle, Jean François de Schönau.
De nombreux offices et pèlerinages y avaient lieu et en 1788 on ajouta la procession où l'on implorait protection contre la grêle. Les paroisses de Bressaucourt, Courtedoux, Courgenay, Alle et Miécourt avaient aussi à la chapelle leurs jours et leurs fêtes. Sous la Révolution, le mobilier fut incendié et le sanctuaire fut vendu comme bien de la nation puis racheté par la commune en 1898, restaurée et rendue au culte. En 1938, le curé-doyen A. Membrez signale des lézardes et d'insidieuses gouttières dans cet édifice,qui ne peut plus être visité pendant un certain temps, en raison du risque de chute de pierres. A la fin des années 1960 l'édifice est désacralisée. En 1969 la commune de Fontenais vote pour une restauration de la chapelle. En 1985 le lieu est restaurée partiellement par la réfection du toit, la construction d'un drainage et la reconstruction du clocher. Alors un sondage dans le cœur de la chapelle mène au jour des fresques du 15ème au 16ème siècle d'une grande valeur historique. Le 7 avril 2011 l’assemblée paroissiale de Fontenais décide une étude pour restauration de la chapelle Le 20 octobre 2014 l'assemblée communale vote un crédit de CHF 100'000.- pour restauration qui est financée en plus par le Canton et la Confédération. En 2016 de les travaux commencent pour arriver à une restauration, qui dans les limites des finances qui ont pu être récoltés, se réalise au moins partiellement. La chapelle devra servir comme espace culturel dès sa réouverture pour accueillir des concerts et des expositions.