Le Mouvement universitaire jurassien (MUJ) est fondé le 13 septembre 1964, et présidé par Jean-Pierre Jobin. Ce mouvement, affilié au Rassemblement jurassien (RJ), regroupe les étudiants jurassiens séparatistes, principalement ceux des universités romandes, Lausanne et Fribourg surtout (en 1966, il compte cinq cellules: à Fribourg, Lausanne, Zurich, Neuchâtel et Genève). A l'origine, les premiers militants de ce groupement souhaitent réagir au refus du gouvernement vaudois de laisser le Jura participer à l'Exposition nationale de 1964. Son but plus général est de «réunir les étudiants qui se proposent, notamment par l'étude et une information objective, de rechercher une solution au problème jurassien, dans le sens d'une autonomie politique». Le MUJ édite et diffuse un bulletin, se livre à des analyses politiques, notamment celle de la propagande antiséparatiste. Ils sont très souvent présents lors des manifestations séparatistes, et ce mouvement permettra à plusieurs d'entre eux de débuter leur carrière politique. Au cours des années 1960 et 1970, le MUJ est l'objet d'oppositions internes entre une aile marxiste, dominée par des étudiants de l'Université de Genève, pour qui la création d'un canton du Jura doit s'accompagner d'une révolution sociale, et une aile conservatrice emmenée par des étudiants de l'Université de Fribourg, qui finissent par l'emporter. Le MUJ fut notamment présidé par François Lachat (1966-1968), Jean-François Roth (1974-1979) et Maxime Zuber (1986-1987).