Le couvent de l'Ordre des Frères Mineurs Capucins de Porrentruy, fondé en 1655 et supprimé en 1793, a été réorganisé comme hospice dès 1965. Désireux de ramener ses sujets au catholicisme et fort des encouragements prodigués par les nonces apostoliques Santonio et Paravicini, le prince-évêque Jacques Christophe Blarer de Wartensee (1575-1608), figure marquante de la Contre-Réforme en Suisse, se déclara d'accord d'appeler des capucins à Porrentruy (1588). Les supérieurs de la Province Suisse envoyèrent deux Pères pour aider au pastorat. L'un d'eux, le P. Mathias, supérieur du tandem (oct. 1588-1590), venait d'Italie, de la région du Lac Majeur. Malgré leur succès, le prince-évêque les révoqua en 1590, après que le chapitre provincial eût décidé la suppression de l'Hospice de Porrentruy, ne pouvant mettre de Père de langue française à la disposition du souverain épiscopal. Pendant la guerre de Trente Ans, des Pères du couvent de Belfort se rendent de temps en temps à Porrentruy comme aides à la charge d'âmes. Dans la continuation, ils y entretinrent même un hospice pendant quelques temps, ce qui réveilla en eux le désir de s'installer définitivement dans le chef-lieu de l'Ajoie. Cependant, en sa qualité de prince temporel et fort de l'appui de son chapitre cathédral, l'évêque de Bâle Jean François de Schönau était fermement décidé à ne tolérer que des capucins suisses à Porrentruy, et ce à l'encontre du général de l'ordre P. Fortunat de Candora, qui avait donné sa préférence à la Province de Bourgogne. Après une négociation triangulaire entre l'évêque, la nonciature et la direction de l'Ordre à Rome, le général donna son assentiment aux capucins suisses pour la fondation d'un couvent (1655). Le prince-évêque leur mis une demeure à disposition, à laquelle il fit adjoindre une chapelle. En 1656, les supérieurs de la Province Suisse désignèrent trois Pères (P. German Brisechoz, de Porrentruy ; P. Marcell Harcly, de Belfort ; P. Florentius Maillardoz, de Fribourg-en-Nuithonie), un clerc (Frère Florian Hübschmann, de Simmiswald, Württemberg, D) et un frère (F. Randoald Patine, de Porrentruy) à destination de Porrentruy. La construction du nouveau couvent débute en 1660, sous la supervision et la direction du frère capucin Probus Haine von Pfullendorf. Trois années plus tard, les frères prennent possession du bâtiment flambant neuf, disposant de vingt cellules (1663). Dès 1670, le couvent sert de lieu d'étude pour des cours de philosophie et de théologie, avec une prédilection pour la théologie morale. Le tiers ordre (tertiaires de saint François) commence à prendre racine à Porrentruy en 1714 déjà. En 1745-1746, les capucins de Porrentruy, soutenus par le chapitre provincial et par la population catholique, s'efforcèrent de fonder un établissement au Noirmont, projet auquel le prince-évêque Joseph Guillaume Rink de Baldenstein refusa pourtant son approbation avec persistance. En septembre 1771, le P. Apollinaris Morel (1730-1792), futur martyr, est muté à Porrentruy et y officie environ trois mois comme confesseur et prédicateur. En mai 1793, l'invasion française étant consommée, les capucins, qui ont refusé de prêter serment sur la Constitution française, fuient Porrentruy et se réfugient en Suisse. Une fois le couvent et l'église dévastés, le couvent est réquisitionné au titre de bien national, tandis que l'église est détruite (1804) et que les bâtiments conventuels sont transformés en appartements pour l'armée. Lors du rattachement de l'ancien Evêché de Bâle au canton de Berne (1815), les catholiques exigèrent la reconstitution du couvent de capucins, en vain. Ce n'est qu'en 1965 que les capucins rouvrirent un hospice à Porrentruy, sur voeux express de l'évêque de Bâle, Mgr François von Streng, et des autorités spirituelles locales. Le Saint-Siège délivra son autorisation au mois de novembre de la même année. Les premiers capucins désignés pour Porrentruy s'y installèrent en 1966. Il s'agit du P. Imier Christe, supérieur, accompagné du P. Archangelus Wuillaume et de F. Claude Litzistorf. En 1970, seuls deux pères séjourneront encore dans le chef-lieu de l'Ajoie. Depuis leurs rétablissement en 1967, leur tâche de charge d'âme consiste surtout à assurer une aide pastorale, particulièrement en Ajoie ; la direction du tiers ordre leurs incombe également. Un père dessert en outre la fonction d'un vicaire à Porrentruy.