Le chapitre ou, plus exactement, la confrérie de Saint-Michel fut solennellement érigée en l'église Saint-Pierre de Porrentruy en 1377. Prêtres et laïques pouvaient en faire partie. Vers 1400, la confrérie paroissiale évolue rapidement en confrérie sacerdotale. Avec l'afflux des donations, les confrères de Saint-Michel jouirent de rentes considérables et se constituèrent en une société ou confraternité ayant ses règles et ses offices. Portant camail noir comme les chanoines, ils étaient regardés par le peuple comme un vrai chapitre. Les premiers statuts, dressés vers l'an 1400, fixèrent leur nombre à douze. Plus tard, ce nombre fut porté à treize, puis ramené à huit et, en 1786, de nouveau à treize (bien qu'en réalité ils ne furent plus que dix jusqu'à la suppression de la confraternité). A leur tête se trouvait un procureur ou un prieur, les deux pouvant alterner au sommet de la hiérarchie. A partir des statuts de 1668, la confrérie n'eut plus que des prieurs pour chefs, dont la liste se confond avec la succession des curés de Porrentruy, prieurs-nés (prieurs perpétuels) de St-Michel. La fonction de procureur fut néanmoins maintenue. Les confrères de Saint-Michel formaient un corps influent de la paroisse et de la bourgeoisie de Porrentruy. L'importance toujours croissante de leurs prébendes, les fondations très nombreuses qui augmentaient d'autant leurs revenus, leur assignèrent une place marquante parmi les membres ecclésiastiques des Etats de l'Evêché. En 1732 par exemple, ils figurent sur la liste des membres qui constituaient encore les Etats du pays. Le « chapitre » de Saint-Michel fut supprimé en 1793.