La Compagnie des chemins de fer du Jura (CJ) est née en 1945 de la fusion de quatre compagnies ferroviaires. En 2021, elle exploite un réseau de 85 km répartis sur quatre axes : Tavannes-Le Noirmont, Saignelégier-La Chaux-de-Fonds, Saignelégier-Glovelier et Porrentruy-Bonfol. Elle exploite aussi des lignes automobiles et un service d'excursions en autocar.

La première ligne de chemins de fer de Suisse, Zurich-Baden, date de 1847. Il faut ensuite attendre dix ans pour voir la première ligne dans la région jurassienne, plus précisément dans les montagnes neuchâteloises, avec la Compagnie du Jura Industriel : La Chaux-de-Fonds-le Locle (1857). Pour le Jura, il faut patienter encore plus de dix ans, jusqu'en 1872, pour pouvoir inaugurer la première ligne de chemin de fer qui relie Porrentruy à Delle (F). D'autres suivront ensuite rapidement : Sonceboz-Tavannes (1874), Delémont-Glovelier , Tavannes-Court (1876) et Glovelier-Porrentruy (1877).
Les CJ, qui assurent un transport ferroviaire et routier sur un territoire couvrant les cantons de Jura, Berne et Neuchâtel, trouvent leur origine en 1884 avec la ligne Tavannes-Tramelan. Fondée lors d'une assemblée constitutive le 3 juillet 1945 (avec effet rétroactif au 1er janvier 1944), avec siège à Saignelégier, la compagnie naît de la fusion des quatre entreprises suivantes :
1)  Chemins de fer Tavannes-Le Noirmont (CTN), écartement de 1 m, issu de la fusion en 1926 de :
- Tavannes-Tramelan (TT), ligne exploitée à la vapeur dès 1884 et à l'électricité dès 1913
- Tramelan-Les Breuleux-Le Noirmont (TBN), ligne exploitée à l'électricité dès 1913
2) Saignelégier-La Chaux-de-Fonds (SC), écartement de 1 m, ligne exploitée dès 1892 à la vapeur
3) Régional Saignelégier-Glovelier (RSG), écartement de 1 m (jusqu'en 1952 écartement normal de 1435 mm), ligne exploitée dès 1904 à la vapeur
4) Porrentruy-Bonfol (RPB), écartement normal de 1435 mm, ligne exploitée dès 1901 à la vapeur, prolongée en 1910 jusqu'à la frontière alsacienne, où elle se raccorde au réseau des chemins de fer du Reich.

La raison de cette fusion se trouve dans l'entrée en vigueur de la nouvelle loi fédérale de 1939 concernant l'aide aux entreprises privées de chemins de fer et de navigation. En effet, chacune des quatre compagnies précitées ne présente pas une assez grande importance économique pour être prise en compte par cette loi et ainsi bénéficier d'une aide financière de la Confédération. C'est dans ce contexte que commencent les discussions au sujet d'une fusion, au début même entre six compagnies (Ponts-Sagne-Chaux-de-Fonds, PSC, et Les Brenets-Le Locle, RdB, en plus).

En 1945, ce réseau est en mauvais état et nécessite une importante modernisation. On décide notamment de l'électrifier et d'adopter l'écartement métrique (1 mètre) pour la ligne Saignelégier-Glovelier. Après trois ans de travaux, on inaugure les nouvelles rames et l'électrification pour la ligne Porrentruy-Bonfol (mai 1952), puis sur le réseau à voie étroite (octobre 1953).
Par la suite, la modernisation se poursuit avec la mise en circulation de nouvelles rames, la transformation des gares, l'adaptation des tracés ou des tunnels ou encore l'introduction de l'horaire cadencé en 1982. En 1992, le projet de raccordement des CJ à Delémont le long de la Transjurane (A16) est refusé lors d’une votation cantonale. L’année suivante, une locomotive à vapeur de la société La Traction est inaugurée, ce qui marque le début d’une collaboration active.

Le film Les quatre saisons du petit train rouge de Claude Schauli suit le conducteur de train Olivier Luder le long du réseau des CJ, et connaît un grand succès en 2011 ainsi qu’en version longue au cinéma à partir de 2015.

La division automobile
En 1948, le mauvais état du réseau ferré contraint les CJ à mettre sur route le service voyageurs sur la ligne Glovelier-Saignelégier. C'est ainsi que le service des automobiles voit le jour. Le premier car d'excursions est quant à lui mis en circulation en 1952. De 1997 à 2004, la marque Croisicar assure le service d’excursions en autocar, repris par l’agence novicar ci-après (vendue à Hertzeisen Autocars à Glovelier en 2018). En 2007, les CJ rachètent les services autocar de CarPostal à Delémont. Le service se développe également au transport du bois et des marchandises, et dès mai 1971,  au collectage du lait. A partir de 1997, le service postal passe à la route et cesse d’être géré par les CJ. Dès l’an 2000, les CJ participent au ramassage des déchets.
Le réseau automobile compte en gros les quatre lignes suivantes :
- Saignelégier-Glovelier (ouverte en 1948)
- Glovelier-Saulcy (1948) - Lajoux-Tramelan (1963) ; extension Les Reussilles-Saignelégier (1986)
- Tramelan-Les Breuleux-Saint-Imier (1956, par Les Breuleux dès 1970)
- Saint-Imier-Les Savagnières-Chasseral (ouverte en 1981, exploitée par les CJ dès 1994)
Les CJ opèrent également les lignes de Noctambus La Chaux-de-Fonds – Glovelier et Saignelégier – Tavannes.


Directeurs
1945-30.11.1979  Jean von Kaenel
1.12.1979-31.8.1991  Arnold Merlet
1.7.1991-23.10.2000  Alain Boillat
1.5.2001-6.8.2012  Georges Bregnard
7.8.2012-20.6.2021 Frédéric Albert Bolliger
dès 21.6.2021 Jean-Frédéric Python

Présidents du conseil d'administration
1945-27.6.1975  Jules Schlappach
27.6.1975-5.7.1979  Maurice Péquignot
6.7.1979-28.6.1995  François Mertenat
28.6.1995-30.6.2008  Pierre Paupe
1.7.2008-16.11.2020 Maxime Jeanbourquin
dès 17.11.2020 François-Xavier Joseph Boillat