Am 24. November 1949 fasste die Gemeindeversammlung von Pruntrut den Entschluss zum Ankauf der Bibliotheks- und Gravurensammlung von Gustave Amweg. Obwohl eine als Verband organisierte «Pruntruter Museumsgesellschaft» bereits seit dem 24. September 1945 existierte, bedeutete erst diese wichtige Anschaffung die eigentliche Geburtsstunde des Museums von Pruntrut.
In den 1960er Jahren zog das Museum mit seinen Sammlungen von der Villa Merguin ins Hôtel-Dieu um, das seit 1956 nicht mehr in Betrieb war. In der Folge wurde der Grundstock durch neue Sammlungen erweitert, darunter die Kultgegenstände aus der Pruntruter Synagoge und Donationen von zahlreichen namhaften Persönlichkeiten aus dem Jura:
- Eugène Folletête
- Jean Gressot
- Albert Perronne (Fotonegative)
- Alfred Frossard (historische Plakatsammlung und Steindruckpresse)
- Pierre Nicolet (Fotonegative)
- Pierre-Olivier Walzer (Bände der Edition Portes de France).

Seit der Gründung des Kantons Jura (1979) wird der Museumsbetrieb durch kantonale Fördergelder subventioniert. 1989 wurde die Stiftung des Musée de l'Hôtel-Dieu ins Leben gerufen, eine Verbindung der Stadt Pruntrut, der römisch-katholischen Kirchgemeinde Pruntrut, der Bürgergemeinde Pruntrut und der Republik und Kanton Jura.
1998 konnte dem Publikum ein komplett neu organisiertes Museum in einem renovierten Gebäude präsentiert werden.
Darin finden sich insbesondere der Schatz der Kirche St. Pierre, die Apotheke des alten Spitals aus dem 19. Jh, eine Sammlung von Armbanduhren, eine Lithographiewerkstatt und ein Stichkabinett mit Motiven aus dem Fürstbistum Basel. Zudem gibt es wechselnde Ausstellungen.
Das Museum ist in einem der schönsten spätbarocken Spitalgebäude der Schweiz untergebracht. Nachdem das erste, 1406 in der Nähe der Beuchire-Quelle erbaute Spital von Pruntrut bei einem Brand zerstört worden war, beauftragte die Bürgergemeinde den Architekten Pierre-François Paris aus Besançon mit einem Neubau: Das Hôtel-Dieu. Die Bauarbeiten begannen 1760 und wurden 1765 vollendet. Der Fürstbischof Simon Nikolaus von Montjoye-Hirsingen weihte das Spital ein; sein Wappen wurde in das Gitter der ersten Etage integriert. Ein schmiedeeisernes Gitter von Jean-Georges Fromknecht ziert den Empfangshof. Das Spital blieb bis 1956 in Betrieb.