Das Museum wurde bereits 1861 von Georges Agassiz gegründet. Erst 1886 wurde daraus eine eigentliche Institution der Gemeinde, die zunächst im Obergeschoss der Sekundarschule Platz fand. Der Umzug wurde auf Initiative von Louis Rollier, Lehrer der Naturwissenschaften (1880-1890), durchgeführt und mit finanzieller Unterstützung von Agassiz ermöglicht. Eine Kommission betreute das Museum. Die Sammlungen wurden nach und nach aufgebaut, insbesondere durch zahlreiche Vermächtnisse von Familien (z.B. Jules Guédat, der Berner Pfarrer L. Morel, die Familie Blancpain). Louis Rollier vermachte dem Museum eine bedeutende altägyptische Sammlung und verkaufte ihm eine geologische Sammlung dazu. Alfred Vernier (Präsident der Museumskommission ab 1886) baute den Kern der numismatischen Sammlung auf und erwarb einige beachtliche Exemplare ausgestopfter Tiere (darunter ein Zebra), die er über einen ihm bekannten Pariser Tierpräparator beschaffen konnte. 1924 erhielt das Museum die Werke des Malers Rodolphe Christen aus Saint-Imier. In den 1930er Jahren kamen Stücke dazu, die von der Angola-Expedition Albert Monards stammten. Erst kürzlich vermachte der Maler Henri Aragon seinen gesamten künstlerischen Nachlass dem Museum.

1958 musste das Museum aus Platzmangel schliessen. Die Sammlungen verstaubten danach eingelagert auf dem Dachboden des Schulgebäudes.
Ab 1996 bemühten sich die Museumskommission und Francis Béguelin, Konservator seit 1996, um eine neue Ausstellung. Sie wollten die Sammlung wieder öffentlich präsentieren. 2001 begannen die Arbeiten für das «neue» Museum, das im Dezember 2002 in den an die Tour Saint-Martin angrenzenden Räumlichkeiten des Relais Culturel Erguël eröffnet werden konnte.

Die Dauerausstellung umfasst mehrere Abteilungen: Naturkunde, Militärsammlungen, Münzsammlung, Spitzen, Uhren, Sport, Kunst. Parallel dazu werden regelmässig Wechselausstellungen gezeigt.