Das NMB ging aus dem Zusammenschluss der beiden Bieler Museen Schwab und Neuhaus hervor und wurde nach umfassenden Umbauarbeiten am 20. Oktober 2012 in Biel eröffnet.
Die Zusammenlegung in einer einzigen, von der Fondation Charles Neuhaus geleiteten Organisation wurde vom Bieler Gemeinderat seit 2010 angestrebt.

2001 lancierte der Gemeinderat eine komplette Neuorganisation der Bieler Museumslandschaft. Daraus erfolgte 2012 die Fusion der beiden ehemaligen Institutionen Museum Schwab (1873-2011) und Museum Neuhaus (MN, 1985-2011) sowie der Fondation Collection Robert (als Teil des MN) zum «Neuen Museum Biel».
Das neue Museum steht in Bieler Tradition und ist daher konsequent zweisprachig (Französisch und Deutsch). Es umfasst mehrere Sparten (Geschichte, Kunst, Archäologie) und wird von einer zentralen Verwaltung geführt. Zum Konzept des NMB gehört eine teilweise Umnutzung der Gebäude. Die Dauerausstellung Archäologie wurde vom Haus Schwab in das Haus Neuhaus verlegt. Das Haus Schwab wird neu vollumfänglich für grosse Sonderausstellungen in allen drei Sparten genutzt. Der neue Empfangsraum für beide Gebäude, die nun doch nicht durch die geplante überdachte Museumsbrücke verbunden sind, wurde im Scharniergebäude zwischen Schüsspromenade und Seevorstadt untergebracht.